中央主管機關對第二條之大眾運輸事業補貼優先順序如下：
一、市區汽車客運業、公路汽車客運業、船舶運送業、載客小船經營業及民用航空運輸業。
二、公營鐵路運輸業。
三、民營鐵路運輸業。
中央主管機關應視年度預算按前項優先順序分配補貼金額，於列為第一優先之業者獲全額補貼後，再為次一優先順位業者補貼，依此類推。