申請人及簽發單位，除經貿易署同意者外，應以電子資料傳輸方式，透過貿易署建置之原產地證明書及加工證明書線上作業系統（以下簡稱作業系統），辦理原產地證明書或加工證明書申請及簽發業務。
但貿易署電腦系統故障時，得先以書面方式辦理；其作業方式，由貿易署另行公告之。