水文課職掌如下：
一、研擬各期程水資源開發計畫及送核事宜。
二、執行各期程水資源調查開發與管理規劃計畫及其相關事宜。
三、督導與水資源開發管理相關之技術研發應用等工作。
四、本課業務相關法規、作業程序、標準等之蒐集及研議。
五、辦理與水資源開發管理事項有關之國內外顧問學者專家之指導、或訓練講座等。
六、辦理與水資源開發管理事項有關之資訊安全管理業務。
七、其他臨時交辦事宜。