本局局長綜理局務，副局長襄理局務，並設下列各課室、管理中心：
一、水文課。
二、設計課。
三、工務課。
四、品管課。
五、經管課。
六、養護課。
七、資產課。
八、曾文水庫管理中心。
九、阿公店水庫管理中心。
十、牡丹水庫管理中心。
十一、甲仙攔河堰管理中心。
十二、高屏溪攔河堰管理中心。
十三、秘書室。
十四、人事室。
十五、會計室。
十六、政風室。