評鑑會實施績效評鑑，應著重國防任務、中科院未來五年期國防科技研究、應用及產製計畫、年度營運（業務）計畫之達成。
績效評鑑之內容如下：
一、中科院年度執行成果之考核。
二、中科院業務績效及目標達成率之評量。
三、中科院經費核撥之建議。
四、其他有關事項。