共同清理機構有下列情形之一者，直轄市、縣（市）政府得通知其限期改善；逾期未改善者，直轄市、縣（市）政府得廢止其設立許可及營運登記。
但情節重大者，得逕行廢止：
一、喪失經營業務能力或於核發登記證後連續一年內無經營共同清除、處理業務之業績者。
二、從事未經許可之業務事項。
三、違反本辦法規定。