本辦法依國家機密保護法(以下簡稱本法)第二十四條第二項規定訂定之。
本辦法所稱法院，指各級法院及公務員懲戒委員會；所稱法官，指各級法院法官及公務員懲戒委員會委員。
本辦法所稱涉及國家機密案件，係指法院辦理之案件，其他機關或人員就該案件所提供、答復或陳述之內容為國家機密者而言。
本辦法所稱之國家機密及其等級，依本法第二條、第四條之規定。
其他機關或人員提供、答復或陳述國家機密時，應先敘明機密等級及應行保密之範圍。
法院人員對職務上所知悉之國家機密，負有保密之義務，不得洩漏。
退、離職後亦同。
法院應指定專責人員負責辦理國家機密文書拆除外封套、分文、保管、繕校、蓋印、封發及歸檔等事項。
國家機密之文書送達法院時，收發人員應先確認封口有無異狀後，始得拆除外封套。
如有異狀，應即報請法院院長或其指定人員處理。
收發人員拆除外封套後，應核對其內容及附件。
收發人員應依內封套記載情形登記，其處理方式如下：一、受文者為機關或機關首長者，送機關首長或其指定人員啟封。
二、受文者為其他人員者，逕送各該人員本人啟封。
法院應設置專區存放國家機密之卷證、資料及檔案，並與一般檔案、贓證物品分別存放。
前項專區場所應由專責人員管理，並應另備保險箱或其他具安全防護功能之金屬箱櫃，裝置密鎖存放之；必要時，應存放於保險室或密室中，並裝置警報及監視系統。
前項密鎖、警報及監視系統，至少應每月檢查一次，以確保安全。
國家機密檔案之存放場所，對於人員、物品之進出，應予以管制，並造冊列管，載明進出人員、時間、目的。
法院為審理涉及國家機密之案件，得預為指定專庭或專人辦理，並負責審理期間卷證、資料之保管。
但經法院院長或其指定人員核准，得另行指定專責人員保管。
前項案件未經法院院長或其指定人員許可，不得將卷證、資料攜離辦公處所。
涉及國家機密案件之筆錄及卷證，書記官應於當日製妥整竣，送交法官保管。
法院對涉及國家機密案件，應依下列方式辦理：一、於卷面標示所涉及國家機密等級、保密期限或解密條件及「限閱」字樣。
二、涉及國家機密之法庭錄音與筆錄，應另以密封卷保存，並由承辦人員簽名及加註日期，拆閱後重新密封時，亦同。
三、國家機密文書之分文(分辦)、陳核(判)、送會、送繕、退稿、歸檔等流程，由承辦人員親自持送或裝入保密箱中傳送。
四、審理時，程序不公開之，並得令無關人員退庭。
五、認對質或詰問有洩漏國家機密之虞者，得依職權或聲請拒絕或限制之。
六、聲請閱覽、抄錄或複製案卷，書記官應於給閱前將涉及國家機密部分抽出，俟閱卷後再附卷保管。
但依本法第十四條規定經原核定機關或其上級機關有核定權責人員書面授權或核准者，不在此限。
七、裁判書類繕校用印時，由承辦人員自行或派專人持往辦理；監印人員憑主管簽署用印，不得閱覽其內容。
承辦人員於蓋印文件及底稿最末一頁左下角加蓋私章，以明責任。
八、絕對機密不得複製，其餘等級之國家機密，如有複製必要，應委請原核定機關依本法第十八條規定複製後交付。
九、裁判書類公示時，不得揭露國家機密，亦不得使人足以知悉其內容。
但公示時已解密者，不在此限。
十、廢棄之涉及國家機密裁判書類稿件、文書或物品，相關人員應立即銷毀，必要時得會同政風人員共同銷毀。
十一、涉及國家機密之文書之傳遞，應指派專人送達，不宜以電子公文交換或傳真。
十二、其他必要之保密措施。
因審理案件需要，法院內部借調國家機密之卷證、資料或檔案，應填具調卷單，經法院院長或其指定之人員核准後向保管人借調。
法官因審理案件，有向其他機關調借國家機密之大型證物之必要時，應親赴證物所在地勘驗之。
涉及國家機密之案件審理終結時，法官製作之裁判書類，不宜詳載所涉之國家機密細節。
前項案件，如經提起上訴、抗告、再審或非常上訴者，相關之卷證、資料，應由專責人員遞送該管法院。
審理案件所使用之國家機密為原件者，應於裁判後立即歸還原借用機關。
使用之國家機密為複製物者，於無繼續使用之必要時，亦同。
涉及國家機密之案卷歸檔時，承辦人員應使用機密檔案專用封套裝封，並於封面上註明案由、案號、判決結果及日期、裝封年月日、頁數、件數、附件數、保存年限、所涉及國家機密等級及解密條件，封口加蓋印章或職名章，於辦理歸檔後，送指定專區存放。
前項專用封套，法院得視業務需要，參考檔案中央主管機關設計之範例，自行訂製統一格式使用。
管理人員點收國家機密之案卷時，僅得依封套上記載事項檢視，不得拆開封套；經確認無誤後，應於歸檔清單及封面上註記點收日期或蓋點收章備查。
有關歸檔事項，本辦法未規定者，依機密檔案管理辦法規定為之。
涉及國家機密之案卷歸檔後，其他機關如有調借必要，應以書面提出請求，經法院院長或其指定之人員核准後，始得提供。
其調借、歸還之程序，本辦法未規定者，依機密檔案管理辦法規定為之。
獲知機密資料洩漏或遺失後，應即採取下列方式處置：一、通知原核定機關或相關機關研採適當補救措施，以減少因洩密所產生之損害。
二、通知政風單位調查洩密原因與責任。
保管國家機密案卷人員調、離職務時，應將所保管之國家機密文件，逐件移交接任人員，並親自列冊呈報核備。
本辦法所定由法官處理之事項，非簽請法院院長或其指定之人員核准，不得委由他人為之。