行政院為統合海洋相關政策規劃、協調及推動，並辦理海域與海岸巡防及海洋保育、研究業務，特設海洋委員會（以下簡稱本會）。
本會掌理下列事項：一、海洋總體政策與基本法令之統合規劃、審議、協調及推動。
二、海洋產業發展之統合規劃、協調及推動。
三、海洋環境保護、資源管理、永續發展、生物多樣性保育與污染防治之統合規劃、審議、協調及推動。
四、海域與海岸安全統合規劃、審議、協調及推動。
五、海洋文化與教育之統合規劃、協調及推動。
六、海洋科學研究與技術發展之統合規劃、審議、協調及推動。
七、海洋人力資源發展之統合規劃、審議、協調及推動。
八、海洋國際公約內國法化與國際合作之統合規劃、審議、協調及推動。
九、所屬海洋研究及人力發展機構之督導、協調及推動。
十、其他有關海洋事務統合事項。
本會置主任委員一人，特任；副主任委員三人，其中二人職務比照簡任第十四職等；另一人職務列簡任第十四職等。
本會置委員十七人至十九人，由行政院院長派兼或聘兼之。
本會之次級機關及其業務如下：一、海巡署：規劃與執行海域及海岸巡防事項。
二、海洋保育署：規劃與執行海洋保育事項。
本會為應業務需要，得報請行政院核准，派員駐境外辦事，並依駐外機構組織通則規定辦理。
本會各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。
前項編制表列有官等職等之人員，得在不逾編制員額二分之一範圍內，就官階相當之警察、軍職人員及民國八十九年隨業務移撥之關務人員派充之。
本會成立時，由其他機關移撥人員之任用、管理及權利義務，依各該人員身分適用之相關法令辦理。