海洋委員會為辦理海洋生態保育與海洋資源永續管理業務，特設海洋保育署（以下簡稱本署）。
本署掌理下列事項：一、海洋生態環境保護之規劃、協調及執行。
二、海洋生物多樣性保育與復育之規劃、協調及執行。
三、海洋保護區域之整合規劃、協調及執行。
四、海洋非漁業資源保育、管理之規劃、協調及執行。
五、海洋污染防治之整合規劃、協調及執行。
六、海岸與海域管理之規劃、協調及配合。
七、海洋保育教育推廣與資訊之規劃、協調及執行。
八、其他海洋保育事項。
本署置署長一人，職務比照簡任第十三職等或列簡任第十三職等；副署長二人，職務列簡任第十二職等。
本署依據區域生態環境特性及管理需要，得設分署，執行海域與海岸生態環境保護、生物多樣性保育、海洋生物資源利用之調查、規劃、協調、巡護與管理事項。
本署為應業務需要，得報請行政院核准，派員駐境外辦事，並依駐外機構組織通則規定辦理。
本署及所屬機關人員之任用、管理及權利義務，依各該人員身分適用之相關法令辦理。