海洋委員會為辦理海域及海岸巡防業務，特設海巡署（以下簡稱本署）。
本署掌理下列事項：一、海洋權益維護之規劃、督導及執行。
二、海事安全維護之規劃、督導及執行。
三、入出港船舶或其他水上運輸工具及通商口岸人員之安全檢查。
四、海域至海岸、河口、非通商口岸之查緝走私、防止非法入出國及其他犯罪調查。
五、公海上對中華民國船舶或依國際協定得登檢之外國船舶之登臨、檢查及犯罪調查。
六、海域與海岸巡防涉外事務之協調、調查及處理。
七、海域及海岸之安全調查。
八、海岸管制區之安全維護。
九、海巡人員教育訓練之督導、協調及推動。
十、其他海岸巡防事項。
本署置署長一人，由海洋委員會副主任委員其中一人兼任；副署長二人，職務列簡任第十二職等至第十三職等。
本署置主任秘書，職務列簡任第十一職等至第十二職等。
本署之次級機關及其業務如下：一、各地區分署：執行轄區之海域及海岸巡防事項。
二、偵防分署：執行海域、海岸犯罪及安全調查事項。
本署為應業務需要，得報請行政院核准，派員駐境外辦事，並依駐外機構組織通則規定辦理。
本署各職稱之官等、職等及員額，另以編制表定之。
前項編制表列有官等、職等之人員，得就官階相當之警察或軍職人員及民國八十九年隨業務移撥之關務人員派充之。
本署與所屬機關人員之任用、管理及權利義務，依各該人員身分適用之相關法令辦理。
本署及所屬機關為應任務需要，所需人員得以兵役人員充任之。
前項兵役人員，另以編組表定之。