本辦法依離島建設條例第十八條及臺灣地區與大陸地區人民關係條例（以下簡稱本條例）第九十五條之一第二項規定訂定之。
依本辦法試辦通航之港口，由交通部報請行政院指定為離島兩岸通航港口後，公告之。
中華民國船舶或大陸船舶經申請許可，得航行於離島兩岸通航港口與經交通部核定之大陸地區港口間；外國籍船舶經特許者，亦同。
大陸船舶入出離島兩岸通航港口及在港口停泊期間應遵行之相關事項，得由交通部或有關機關另定之。
經營離島兩岸通航港口與大陸地區港口間之定期固定航線業務者，應檢附申請書、營運計畫及相關文件，向航政機關申請許可後，始得航行。
大陸地區之船舶運送業應委託在臺灣地區船務代理業，申請前項許可。
第一項許可期間，以二年為限，並得於期限屆滿三十日前重新申請許可。
經公告無船舶運送業經營第一項業務，且經航政機關會商大陸事務主管機關認航線有持續經營之必要者，得依需求徵求中華民國籍船舶運送業經營該固定航線，營運所生之損失得酌予補貼；其補貼之條件、方式及監督考核等事項，由航政機關辦理之。
經營前條業務以外之不定期航線業務者，應逐船逐航次專案向離島兩岸通航港口之航政機關申請許可，始得航行。
本辦法施行前已設籍金門、馬祖之漁船，經依船舶法申請變更用途，並於註銷漁業執照或獲准休業後，得向當地縣政府申請許可從事金門、馬祖與大陸兩岸間之水產品運送；其許可條件，由當地縣政府定之。
前項以船舶經營水產品運送而收取報酬者，應另依航業法及其相關法規規定，向航政主管機關申請營業許可。
中華民國一百零七年一月十八日前設籍金門、馬祖之漁船，經許可得航行至大陸地區，其許可條件，由當地縣政府擬訂，報請中央主管機關核定。
船舶入出離島兩岸通航港口，應依指定之航道航行。
前項航行航道，由交通部會同相關機關劃設，並公告及刊登政府公報。
船舶違反第一項規定者，得廢止其航行許可，並按其情節，得對所屬船舶所有人申請船舶航行案件，不予許可。
船舶入出離島兩岸通航港口，應開啟國際海事通信頻道，並依交通部規定，於一定期限內裝設船位自動回報系統或電子識別裝置。
船舶入出離島兩岸通航港口，港務及棧埠管理相關業務，應依各該港口港務及棧埠管理規定辦理。
臺灣地區人民得持憑有效護照，經內政部移民署（以下簡稱移民署）查驗許可後，由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區。
金門、馬祖或澎湖設有戶籍六個月以上之臺灣地區人民，得向移民署申請許可核發三年效期多次入出境許可證，經查驗後由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區。
外國人得持憑有效簽證及有效護照或旅行證件，或適用以免簽證方式入國之有效護照，經移民署查驗許可後，由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區；香港或澳門居民，持憑有效入出境許可證者，亦同。
香港或澳門居民適用臨時入境停留方式入境者，於入境金門、馬祖或澎湖時，得向港口之移民署申請發給臨時入境停留通知單，持憑入出境。
本條例第九條第三項及第四項人員，申請由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區者，除第二項所定人員依該項規定辦理外，應先依臺灣地區公務員及特定身分人員進入大陸地區許可辦法及簡任第十職等及警監四階以下未涉及國家安全機密之公務員及警察人員赴大陸地區作業要點，申請許可或同意。
下列人員申請赴大陸地區從事交流活動，得向移民署申請許可，持憑有效護照經查驗許可後，由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區：一、金門、連江及澎湖縣縣長。
二、服務於金門、連江及澎湖縣各機關之政務人員。
三、服務於金門、連江及澎湖縣各機關未涉及國家安全機密之簡任或相當簡任第十一職等以上公務員或警監三階以上警察人員。
移民署為前項許可前，必要時，得會商相關機關。
大陸地區人民有下列情形之一者，得向移民署申請許可入出金門、馬祖或澎湖：一、社會交流：包括探親、探病、奔喪、人道探視或其他交流活動。
二、藝文商務交流：包括學術、體育、宗教、文化、商務或其他交流活動。
三、就學：包括就讀推廣教育學分班及非學分班。
四、旅行：包括組團及個人旅遊。
移民署為前項許可前，必要時，得會商相關機關。
第一項第四款情形，以組團方式辦理者，每團人數限三人以上四十人以下，整團同時入出，不足三人之團體不予許可，並禁止入境。
大陸地區人民於金門、馬祖或澎湖海域，因突發之緊急事故，得申請救助進入金門、馬祖或澎湖避難。
大陸地區人民進入臺灣地區患重病、受重傷、發生天災或其他特殊事故，其必要協處人員，得向移民署申請專案許可，往返金門、馬祖或澎湖與大陸地區；該大陸地區人民經許可之停留期間屆滿者，亦同。
大陸地區人民依本辦法許可入境者，其停留地點以金門、馬祖或澎湖為限。
依前條第一項第一款至第三款規定申請者，應由金門、馬祖或澎湖親屬、同性質廠商、學校或相關之團體備具申請書及相關證明文件，向移民署在金門、馬祖或澎湖所設服務站（以下簡稱服務站）代申請進入金門、馬祖或澎湖，並由其親屬或負責人擔任保證人。
依前條第一項第四款規定申請者，應由交通部觀光局許可在金門、馬祖或澎湖營業之綜合或甲種旅行社向服務站代申請進入金門、馬祖或澎湖，並由其負責人擔任保證人；個人旅遊者，應另備最低投保金額新臺幣二百萬元之旅遊平安保險或其他傷害保險證明文件及註明大陸地區緊急聯絡人之行程表。
前條第四項情形，由救助人代申請之。
大陸地區人民依第十二條規定申請經許可者，得核發六個月效期之往來金門、馬祖或澎湖單次入出境許可證或一年至三年效期之多次入出境許可證，由當事人持憑連同有效之大陸居民往來臺灣通行證或大陸地區旅行證件（不包含港澳通行證），經移民署查驗後入出金門、馬祖或澎湖。
前項入出境許可證效期，必要時，得予縮短；應備查驗文件，必要時，得予增加。
以旅行事由申請者，得於入境金門、馬祖、澎湖時向移民署申請發給臨時入境停留通知單，持憑入出境。
其適用對象、限制方式、人數及應備文件，由移民署公告，並刊登政府公報。
大陸地區人民依第十二條規定申請許可者，其停留期間如下，並不得辦理一般延期：一、社會交流：每次停留期間不得逾二個月。
二、藝文商務交流：按實際需要核給，每次最長停留期間不得逾三個月。
三、就學：每次停留期間不得逾四個月。
四、旅行：每次停留期間不得逾十五日。
依本辦法許可入境之大陸地區人民，因疾病住院、災變或其他特殊事故，未能依限出境者，得向服務站申請延期停留，每次不得逾十五日。
但經移民署會同相關機關認有必要者，得酌予延長期間及次數；其停留期間之相關費用，由代申請人代墊付。
大陸地區人民依本辦法以外之其他法令經許可進入臺灣地區者，得持憑有效入出境許可證，經移民署查驗，由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區。
但臺灣地區人民之配偶依法須經機場、港口接受面談者，應符合下列情形之一，始得由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區：一、來臺地址為金門、馬祖或澎湖。
二、在大陸地區福建設有戶籍。
大陸地區人民申請進入金門、馬祖或澎湖，內政部得限制人數。
大陸地區人民在經政府核准往返金門、馬祖或澎湖與大陸地區航行之船舶服務之船員或服務於船舶之人員，因航行任務抵達離島兩岸通航港口，須離開港區臨時停留者，得由所屬之船舶運送業者在金門、馬祖或澎湖之船務代理業者，向服務站代申請臨時停留許可證，並經查驗後進入金門、馬祖或澎湖，停留期間不得逾船舶靠泊港口期間。
大陸地區人民在中共黨務、軍事、行政或其他公務機關任職者，申請進入金門、馬祖或澎湖，得不予許可；已許可者，得撤銷或廢止其許可，並註銷其入出境許可證。
有下列情形之一者，亦同：一、參加暴力或恐怖組織，或其活動。
二、涉有內亂罪、外患罪重大嫌疑。
三、涉嫌重大犯罪或有犯罪習慣。
四、曾未經許可入境。
五、（曾）經許可入境，逾停留期限。
六、（曾）從事與許可目的不符之活動或工作。
七、（曾）有事實足認為有犯罪、違反公共秩序或善良風俗之行為。
八、有事實足認為有危害國家安全或社會安定之虞。
九、患有足以妨害公共衛生或社會安寧之傳染病、精神病或其他疾病。
十、其他曾違反法令規定情形。
大陸地區人民申請進入金門、馬祖或澎湖，有下列情形之一，已入境者，自出境之日起，未入境者，自不予許可、撤銷、廢止許可之翌日起算，於一定期間內不予許可其申請進入金門、馬祖或澎湖。
但曾入境現已出境者，自出境之日起算：一、有前項第四款情形者，其不予許可期間為五年。
二、有前項第五款情形者，其不予許可期間為一年至三年。
三、有前項第六款情形者，其不予許可期間為一年至三年，其係經強制出境或限令出境者，不予許可期間為三年至五年。
四、有前項第七款情形者，其不予許可期間為一年至五年。
五、有前項第九款情形者，其不予許可期間至痊癒或經證明病情穩定之日。
大陸地區人民經依第十二條規定申請許可進入金門、馬祖或澎湖，而有逾期停留或從事與許可目的不符之活動或工作者，其代申請人、綜合或甲種旅行社，內政部得視情節輕重，一年以內不受理其代申請案件；其已代申請尚未許可之案件，不予許可。
未依限帶團全數出境之綜合或甲種旅行社，亦同。
大陸地區人民以旅行事由申請許可進入金門、馬祖或澎湖，而有第十七條第一項第五款之情形者，於不予許可期間屆滿次日起算三年內，不得以臨時入境停留通知單方式入境。
大陸地區船員或服務於船舶之人員經許可臨時停留，違反第十六條規定者，該船舶所屬之船舶運送業者在金門、馬祖或澎湖之船務代理業者，六個月內不得以該船舶申請大陸地區船員或服務於船舶之人員臨時停留。
金門、馬祖或澎湖之旅行業辦理接待大陸地區人民來金門、馬祖或澎湖旅行業務，其監督管理，由交通部或其授權之機關辦理。
中華民國船舶有專案申請由臺灣本島航行經金門、馬祖或澎湖進入大陸地區必要時，應備具船舶資料、活動名稱、預定航線、航程及人員名冊，向航政機關申請航行許可；船舶經金門、馬祖或澎湖應停泊，經查驗船舶航行文件後，得進入大陸地區。
前項專案許可，由航政機關會同有關機關辦理。
金門、馬祖或澎湖與大陸地區貿易，得以直接方式為之，並應依有關法令取得許可或免辦許可之規定辦理。
大陸地區物品符合下列情形之一者，得輸入金門、馬祖或澎湖：一、經濟部公告准許金門、馬祖或澎湖輸入項目及其條件之物品。
二、財政部核定並經海關公告准許入境旅客攜帶入境之物品。
三、其他經經濟部專案核准之物品。
前項各款物品，經濟部得停止其輸入。
經濟部依前條第一項第一款公告准許輸入之大陸地區物品，得包括下列各項：一、經准許輸入臺灣地區之項目。
二、金門、馬祖或澎湖當地縣政府提報，並經貨品主管機關同意之項目。
輸入第二十二條第一項之物品，應向經濟部申請輸入許可證。
但經經濟部公告免辦輸入許可證之項目，不在此限。
金門、馬祖或澎湖與大陸地區運輸工具之往來及貨物輸出入、攜帶或寄送，以進出口論；其運輸工具、人員及貨物之通關、檢驗、檢疫、管理及處理等，依有關法令規定辦理。
前項進口物品未經許可，不得轉運金門、馬祖或澎湖以外之臺灣地區；金門、馬祖或澎湖以外之臺灣地區物品，未經許可，不得經由金門、馬祖或澎湖轉運大陸地區。
違者，依海關緝私條例第三十六條至第三十九條規定處罰。
前項許可條件，由經濟部公告，並刊登政府公報。
金門、馬祖或澎湖私運、報運貨物進出口之查緝，依海關緝私條例之規定；離島兩岸通航港口，就通航事項，準用通商口岸之規定。
自金門、馬祖或澎湖郵寄或旅客攜帶進入臺灣本島之少量自用大陸地區物品，其品目及數量限額如附表。
前項郵寄或旅客攜帶之大陸地區物品，其項目、數量超過前項限制範圍者，由海關依關稅法第九十六條第一項及第二項規定處理。
我國軍艦進出離島兩岸通航港口港區，由地區軍事機關負責管制；如遇緊急狀況時，有優先進出及繫泊之權利。
軍用物資之港口勤務作業及船席指泊，由地區軍事機關及部隊分配船席辦理及清運。
國軍各軍事機關及部隊為辦理前二項事務，得協調地區港務機關不定期實施應變演習。
為處理試辦通航相關事務，行政院得在金門、馬祖設置行政協調中心，其設置要點由行政院定之。
交通部為協調海關檢查、入出境證照查驗、檢疫、緝私、安全防護、警衛、商品檢驗等業務與相關之管理事項，得設置離島兩岸通航港口檢查協調中心；其設置要點，由交通部另定之。
本辦法試辦期間，如有危害國家利益、安全之虞或其他重大事由時，得由行政院以命令終止一部或全部之實施。