本辦法依食品衛生管理法（以下簡稱本法）第三十七條第三項規定訂定之。
主管機關委託辦理食品衛生檢驗（以下稱檢驗）之檢驗機構、學術團體或研究機構（以下合稱受託機構），應具備下列資格：一、符合國際標準組織相關條款（ISO/IEC17025：2005等）認證規範。
二、具受委託檢驗項目之檢驗能力與相關場所及設備。
三、訂有檢驗作業管控程序及品質保證措施。
受託機構應置符合下列資格之人員：一、公立或立案之私立大學、獨立院校或符合教育部採認規定之國外大學、獨立學院之食品、醫藥或化學等相關科系所畢業，受有相關檢驗專業訓練，並具三年以上相關實務工作資歷之檢驗部門主管。
二、公立或立案之私立大學、獨立院校或符合教育部採認規定之國外大學、獨立學院之食品、醫藥或化學等相關科系所畢業，並曾受相關訓練之檢驗人員。
主管機關辦理委託檢驗，得以指定或公開甄選之方式為之。
主管機關應與受託機構依本辦法規定訂定委託契約書，載明委託檢驗項目、相關權利義務及爭議處理等事項。
依第四條辦理委託檢驗，受指定者或參與甄選者應檢具下列文件送交主管機關：一、執行委託計畫書。
二、機構及人員之資格證明文件。
三、機構簡介。
四、檢驗場所配置圖。
五、申請接受委託檢驗之項目及其相關檢驗設備、數量、規格、性能之說明。
六、檢驗作業管控程序及品質保證措施之說明。
七、符合國際標準組織相關條款規範之證明。
八、機構之會計及稽核制度文件。
受託機構於檢驗部門主管、檢驗人員或檢驗有關場所、設備異動時，應即通知委託機關。
前項異動足以影響受委託檢驗項目之能力時，主管機關得限期令其改善，屆期未改善者，應終止其委託。
主管機關將食品檢體送受託機構檢驗時，應填具委託檢驗單（以下稱檢驗單），並於食品檢體上黏貼封條。
受託機構於接獲主管機關送達之檢驗單及食品檢體時，應出具收據並負檢體保管責任。
受託機構於完成檢驗後，應出具檢驗報告書；必要時，主管機關得令其先以電子方式傳送檢驗結果。
前項檢驗報告書應包括下列事項：一、受託機構名稱、地址、電話及傳真號碼。
二、主管機關名稱、地址及委託檢驗單號碼。
三、食品檢體物理性狀之描述、識別標記、收受日期及執行檢驗日期。
四、檢驗設備名稱、檢驗方法及檢驗結果。
五、報告日期及受託機構負責人之簽章。
受託機構及相關人員就其受委託檢驗業務應負保密義務，不得對外揭露相關檢驗結果。
主管機關非依法令規定不得揭露受託機構之名稱。
主管機關得就受託機構之檢驗設備、人員、技術能力、檢驗紀錄、檢驗時效、品質管理及財務收支等事項進行查核，如發現缺失，應限期令其改善。
受託機構對前項查核應予配合，不得規避、妨礙或拒絕。