本辦法所定檢疫費用，其項目如下：一、預防接種、瘧疾預防藥品費、阿米巴性痢疾藥品費。
二、證照費：（一）國際預防接種證明書費。
（二）船舶衛生管制或免予衛生管制證明書費。
（三）屍體出國（境）准許證明書費。
三、衛生檢疫費：船舶衛生檢疫費。
前項第一款、第二款第一目及第三目之費用，其徵收對象為申請辦理國際預防接種、瘧疾預防藥品、阿米巴性痢疾藥品或屍體出國（境）准許事項者。
但阿米巴性痢疾藥品費之徵收對象以非本國籍者為限。
第一項第二款第二目、第三款之費用，其徵收對象為入出國（境）運輸工具之所有人、管理人或代理人。
前二項之徵收對象於申辦時，持衛生福利部疾病管制署（以下簡稱疾管署）開立之繳款書或繳費單，向國庫、國庫代理銀行或代收機構繳納。
但符合國庫法第五條規定者，得向疾管署或中央主管機關委託之醫療機構繳納。
本辦法所稱噸位，指依船舶國籍證書或遊艇證書登載之總噸位。
本辦法所稱客船，指船舶法第三條第二款所定非小船且乘客定額超過十二人，以運送旅客為目的之船舶。
預防接種或藥品之收費，規定如下：一、黃熱病疫苗：每劑收取採購成本，另加處理成本新臺幣一百六十元。
二、流行性腦脊髓膜炎疫苗：每劑收取採購成本，另加處理成本新臺幣一百六十元。
三、瘧疾預防藥品：每錠收取藥品採購成本，另加處理成本新臺幣二十元。
四、阿米巴性痢疾藥品：每錠收取採購成本，另加處理成本新臺幣四元。
前項疫苗與藥品之採購成本及收費金額，由中央主管機關公告，並刊登行政院公報。
國際預防接種證明書費，初簽或補證者，新臺幣二百元，加簽者，新臺幣一百五十元。
船舶衛生管制或免予衛生管制證明書費，以船舶噸位計算；其收費基準如下：一、一千噸位以下：每張新臺幣三千元。
二、超過一千至一萬噸位：客船，每張新臺幣五千元；其餘船舶，每張新臺幣四千元。
三、超過一萬至五萬噸位：客船，每張新臺幣六千三百元；其餘船舶，每張新臺幣五千元。
四、超過五萬噸位：客船，每張新臺幣七千五百元；其餘船舶，每張新臺幣六千元。
船舶衛生管制或免予衛生管制證明書，其補發、換發、延期、放行或更改船名、國籍之簽證費，每張新臺幣一千元。
屍體出國（境）准許證明書費或其他證書費，每張新臺幣二百元。
船舶衛生檢疫費，按船舶入國（境）每次計算；其收費基準如下：一、審查檢疫費：以電子通訊審查檢疫，每艘新臺幣一千元。
二、登船檢疫費：（一）一千噸位以下：每艘新臺幣一千二百元。
（二）超過一千至五千噸位：客船，每艘新臺幣一千九百元；其餘船舶，每艘新臺幣一千五百元。
（三）超過五千至一萬噸位：客船，每艘新臺幣二千五百元；其餘船舶，每艘新臺幣二千元。
（四）超過一萬至三萬噸位：客船，每艘新臺幣三千二百元；其餘船舶，每艘新臺幣二千五百元。
（五）超過三萬至五萬噸位：客船，每艘新臺幣四千四百元；其餘船舶，每艘新臺幣三千五百元。
（六）超過五萬噸位：客船，每艘新臺幣六千三百元；其餘船舶，每艘新臺幣五千元。
船舶有下列情形之一者，免徵船舶衛生檢疫費：一、遊艇：五百噸位以下者。
二、無動力駁船：其拖船，已依前項規定徵收費用者。
船舶衛生檢疫費，平日應由船舶公司或其船務代理，於船舶出港前繳納；例假日及上班時間外進出港之船舶，得於翌日上班時間內繳納。
但疾管署同意另定繳納日期或期限者，不在此限。