本辦法依傳染病防治法（以下簡稱本法）第五十三條第三項規定訂定之。
本辦法所稱醫事人員，依醫療法之規定。
本辦法所稱其他人員，指非屬醫事人員，為設立檢疫或隔離場所必要之工作人員。
本辦法所稱設立機關，指依本法第五十三條就中央流行疫情指揮中心指揮官（以下簡稱指揮官）之指示，指定或徵用醫療機構或公共場所，設立檢疫或隔離場所，並得徵調人員協助防治工作之各級政府機關。
地方主管機關平時應建置醫療機構或公共場所及防治工作人員名冊，並依傳染病特性、醫療機構之醫療品質、公共場所之適用性及醫事人員傳染病防治專長等，予以分類規劃、造冊後並送請中央主管機關備查。
每半年更新一次資料時，亦同。
設立機關應依指揮官指示，公告其所指定或徵用之醫療機構或公共場所。
設立機關應依指揮官指示就所建立之人員名冊徵調，必要時得徵調其他相關人員協助防治工作。
本辦法所定指定、徵用或徵調，應以書面為之。
但有緊急需要時，該書面得於指定、徵用或徵調後三日內補發之。
傳染病已獲控制或無傳染之虞時，設立機關應依指揮官指示或經報准解除指定、徵用或徵調，並於解除後三日內補送書面。
進行檢疫或隔離措施時，應以書面通知為之。
緊急時該書面得於接受檢疫或隔離事實發生後三日內補發之。
該書面應送達本人，並副知檢疫或隔離場所。
結束檢疫或隔離時，亦同。
醫療機構及公共場所之補償項目及基準如下：一、醫療機構：（一）收容傳染病病人之醫療及膳食費用：依全民健康保險醫療費用支付標準及中央主管機關規定額度給付。
（二）其他場地、設施或設備之損失：依指定或徵用項目及費用，核實補償。
（三）因指定或徵用致影響營運，中央主管機關得補助其與前一未被指定或徵用年同期健保總醫療費用之差額，補助期間自指定或徵用當月起至解除當月後三個月為止。
二、公共場所之徵用：參照指定、徵用當時同區域或臨近公共場所之房地租金加計二成補償。
徵用期間未滿十五日者，其補償費以十五日計算；逾十五日未達三十日者，其補償費以三十日計算。
人員薪資及津貼補償計算自徵調日起至結束日止，其補償項目及基準如下：一、薪資部分：比照原日薪計算。
（一）任職於公立醫療機構人員：由原任職機構發給；如原任職機構未發給者，由設立機關發給。
（二）任職於私立醫療機構人員：由設立機關發給。
二、津貼部分，由設立機關依其擔任下列職務之一發給：（一）醫師：每人每日新臺幣一萬元。
（二）護理人員：每人每班新臺幣五千元。
（三）前二目以外之醫事人員：每人每日新臺幣二千元。
（四）其他人員：每人每日新臺幣一千五百元。
人員因直接或間接照護（顧）傳染病病患致感染傳染病或死亡者之補償項目及基準如下：一、醫療費：扣除全民健康保險支付者外，核實補償。
二、身心障礙者補償費：（一）重度或極重度身心障礙者，最高給付新臺幣一千萬元。
（二）中度身心障礙者，最高給付新臺幣五百萬元。
（三）輕度身心障礙者，最高給付新臺幣二百六十五萬元。
三、喪葬費：新臺幣三十萬元，一次給付。
四、撫卹金：新臺幣一千萬元，一次給付。
五、非財產上損害之慰助金：最高以新臺幣三百萬元為限，一次給付。
前項身心障礙等級之鑑定，依身心障礙者權益保障法及相關法規辦理。
請求第一項補償費者，如已受有其他法令規定事實相當之給付，應減除之。
至指定檢疫場所接受檢疫且未違反檢疫相關規定者或受指定至檢疫場所照顧幼童者，自接受檢疫日起至結束日止，每人每日補償金額，由中央流行疫情指揮中心公告之。
前項檢疫期間，有支領薪資或依其他法令規定性質相同之補助者，不得重複領取。
受指定、徵用、徵調或接受檢疫者，應依下列規定，向設立機關申請補償：一、醫療機構或公共場所：由負責人填具申請書，並檢附損失證明或其他足資證明損失等資料。
二、人員：由本人或法定繼承人填具申請書，並檢附相關證明文件、單據等資料。
三、接受檢疫者：填具申請書，並檢附檢疫通知書或相關證明文件，於接受檢疫事實發生後六個月內，提出申請。
設立機關受理前條申請後，應於七日內就指定、徵用或徵調損失情形進行調查；調查後三個月內將結果作成書面報告，連同補償費申請書及相關證明資料完成審定。
設立機關應將審定結果報請機關首長核定後，以書面通知申請人，並副知中央主管機關。
補償費之核發，依前條核定結果為之，並應於核定後三個月內完成撥付手續。