本辦法依傳染病防治法（以下簡稱本法）第十七條第二項規定訂定之。
中央主管機關依本法第十七條第一項規定，研判國內、外流行疫情嚴重程度，認有必要時，得提具體防疫動員建議，報請行政院同意成立中央流行疫情指揮中心（以下簡稱本中心），並指派指揮官。
前項所稱流行疫情嚴重程度，指重大傳染病流行、生物病原攻擊或經中央主管機關研判需應變動員等之狀況。
本中心任務如下：一、疫情監測資訊之研判、防疫應變政策之制訂及其推動。
二、防疫應變所需之資源、設備及相關機關（構）人員等之統籌與整合。
三、防疫應變所需之新聞發布、教育宣導、傳播媒體優先使用、入出國（境）管制、居家檢疫、國際組織聯繫與合作、機場與港口管制、運輸工具徵用、公共環境清消、勞動安全衛生、人畜共通傳染病防治及其他流行疫情防治必要措施。
本中心指揮官統一指揮、督導及協調各級政府機關、公營事業、後備軍人組織、民間團體執行防疫工作；必要時，得協調國軍支援。
指揮官得指派副指揮官一人至三人，襄理本中心業務。
指揮官得依本法第五十二條至第五十六條之規定，指示各級政府機關徵調、徵用及整合相關機關（構）之資源、設備或人力。
本中心得邀集相關機關之副首長或指定代表一人為本中心之成員。
本中心得依任務需要設若干處，並得分組辦事。
前項各處分置主任一人，由指揮官指派之。
指揮官得視流行疫情應變需要，機動調整各處之任務編組、人員規模及其進駐時機。
各處任務，必要時，得請相關機關支援。
本中心得視流行疫情應變需要，依中央主管機關之應變計畫，辦理有關人員之特定講習及訓練。
指揮官得依流行疫情狀況通知有關機關，依指定時間派員進駐本中心。
各有關機關應排定進駐人員輪值表，並建立緊急聯絡名冊，彙送本中心。
進駐本中心各機關應隨時掌握最新動態資訊及狀況，並於情報收受後，依下列程序辦理：一、各機關情報處理及因應建議，應陳報權責長官，並通報相關機關。
二、機關遇有需跨機關協調或通報時，應即會報相關權責機關迅採措施，同時陳報權責長官。
三、機關有責任歸屬之情報通報、因應建議、下令、督導及電話，均應作成書面紀錄，並陳報權責長官。
四、機關應填寫工作日誌，陳報權責長官。
本中心得視流行疫情及處置狀況，由指揮官報請行政院解散之。
本中心解散後，各進駐機關應將於本中心成立期間之各處置紀錄，送中央主管機關統一彙整、陳報；各項復原重建措施，由各機關依權責繼續辦理。
本中心所需之行政經費，由中央主管機關編列預算支應之。
地方主管機關為因應流行疫情，成立地方流行疫情指揮中心時，得準用本辦法之相關規定辦理。