本辦法依廢棄物清理法(以下簡稱本法)第二十八條第三項規定訂定之。
本辦法所稱醫療廢棄物係指由醫療機構、醫事檢驗所產生之事業廢棄物。
共同清除、處理機構得以下列方式設立：一、醫師公會：由醫師公會集合各醫療機構、醫事檢驗所，共同清除或共同處理其產生之醫療廢棄物。
二、合作社：由醫療機構、醫事檢驗所成立合作社，共同清除或共同處理其產生之醫療廢棄物。
三、財團法人：由醫療機構、醫事檢驗所捐助設立財團法人，共同清除或共同處理其產生之醫療廢棄物。
四、股份有限公司：由醫療機構、醫事檢驗所聯合具有廢棄物清除、處理合作意願者加入投資所設立之股份有限公司，共同清除或共同處理加入投資之醫療機構、醫事檢驗所產生之醫療廢棄物。
前項第三款財團法人之設立，依行政院衛生署監督衛生財團法人準則之規定。
第一項第四款之股份有限公司，具有廢棄物清除、處理合作意願者之總投資比例不得高於百分之二十。
本辦法施行前已設立者，其總投資比例依原規定不得高於百分之四十九。
共同清除機構之設立，應具備下列條件：一、應有足以購置醫療廢棄物清除設施之設立及營運資金。
二、應有具甲級廢棄物清除技術員或甲級廢棄物處理技術員資格之主任管理員一人。
共同處理機構之設立，應具備下列條件：一、應有足以購置醫療廢棄物處理設施之設立及營運資金。
二、應有具甲級廢棄物處理技術員資格之主任管理員一人。
三、應有甲級廢棄物處理技術員及乙級廢棄物處理技術員各一人以上。
前項第二款主任管理員，得由前項第三款甲級廢棄物處理技術員兼任。
同一機構兼具共同清除、處理業務者，其共同處理機構之甲級廢棄物處理技術員得兼任清除機構技術員。
主任管理員應負責共同清除機構或共同處理機構之正常營運及醫療廢棄物清除、處理技術之管理，並應審查及簽署行政院衛生署(以下簡稱本署)或行政院環境保護署指定申報之相關文件。
共同清除機構之設立，應檢具下列文件，向本署申請許可：一、申請書。
二、設立及營運資金之證明文件。
三、醫療機構、醫事檢驗所名冊及共同關係等相關資料。
但以股份有限公司方式設立者，並應檢具投資名冊及其各該投資比例等證明文件。
四、醫療廢棄物清除設施及工具配置說明書。
五、清除設施用地之相關證明文件(如土地登記簿謄本、地籍圖謄本、土地使用清冊、土地使用同意書等)。
六、醫療廢棄物處理及最終處置方式。
七、營運管理計畫說明書。
八、財務計畫書。
九、其他經本署指定或相關法令規定之文件。
共同處理機構之設立，應檢具下列文件，向本署申請許可：一、申請書。
二、設立及營運資金之證明文件。
三、醫療機構、醫事檢驗所名冊及共同關係等相關資料。
但以股份有限公司方式設立者，並應檢具投資名冊及其各該投資比例等證明文件。
四、醫療廢棄物處理設施規格功能、處理能力說明書。
五、處理設施用地之相關證明文件(如土地登記簿謄本、地籍圖謄本、土地使用清冊、土地使用同意書等)。
六、工程計畫說明書(含進度表、設置規模等)。
七、污染防治計畫書。
八、醫療廢棄物最終處置方式。
九、營運管理計畫說明書。
十、財務計畫書。
十一、其他經本署指定或相關法令規定之文件。
共同清除機構設立完成後，應檢具下列相關文件，向本署申請共同清除營運許可，發給共同清除營運許可證，始得營運：一、申請書。
二、合作社登記執照、法人登記證書、公司登記證明文件或公會立案證明文件及章程。
三、共同清除機構設立許可文件。
四、醫療機構、醫事檢驗所名冊及共同關係等相關資料。
但以股份有限公司方式設立者，並應檢具投資名冊及其各該投資比例等證明文件。
五、主任管理員名冊及其取得行政院環境保護署核發之合格證書。
六、醫療廢棄物清除設施及工具清冊(含清運工具車籍資料)。
七、醫療廢棄物處理及最終處置去處證明文件。
八、營運管理計畫書。
九、其他經本署指定或相關法令規定之文件。
共同處理機構設立完成後，應檢具下列相關文件，向本署申請共同處理營運許可，發給共同處理營運許可證，始得營運：一、申請書。
二、合作社登記執照、法人登記證書、公司登記證明文件或公會立案證明文件及章程。
三、共同處理機構設立許可文件。
四、醫療機構、醫事檢驗所名冊及共同關係等相關資料。
但以股份有限公司方式設立者，並應檢具投資名冊及其各該投資比例等證明文件。
五、主任管理員、甲級廢棄物處理技術員及乙級廢棄物處理技術員之名冊及其取得行政院環境保護署核發之合格證書。
六、醫療廢棄物處理設施完工驗收證明文件。
七、試運轉功能檢驗報告。
八、污染防治監測計畫書。
九、醫療廢棄物最終處置去處證明文件。
十、營運管理計畫書。
十一、其他經本署指定或相關法令規定之文件。
本署得設審查小組，審查有關共同清除、處理機構申請設立及營運許可事項。
共同清除機構營運許可證應登載事項如下：一、核准字號及日期。
二、機構名稱及地址。
三、組織。
四、負責人姓名、住址及國民身分證統一編號。
五、主任管理員姓名及國民身分證統一編號。
六、清除設施用地地點。
七、清除醫療廢棄物之種類及代碼、數量、清除車輛車號、處理或最終處置地點等相關事項。
八、有效期限。
共同處理機構營運許可證應登載事項如下：一、核准字號及日期。
二、機構名稱及地址。
三、組織。
四、負責人姓名、住址及國民身分證統一編號。
五、主任管理員姓名及國民身分證統一編號。
六、場(廠)地點。
七、處理醫療廢棄物之種類及代碼、數量、處理方法、最終處置地點等相關事項。
八、有效期限。
共同清除、處理營運許可證之有效期限為五年，有效期限屆滿前三個月至五個月得申請展延，每次展延不得逾五年，逾期應重行申請許可。
共同清除機構其共同清除營運許可證有效期限之展延，應檢具下列文件向本署申請：一、申請書。
二、原發營運許可證。
三、醫療機構、醫事檢驗所名冊及共同關係等相關資料。
但以股份有限公司方式設立者，並應檢具投資名冊及其各該投資比例等證明文件。
四、主任管理員名冊及其取得行政院環境保護署核發之合格證書。
五、醫療廢棄物清除設施及工具清冊(含清運工具車籍資料)。
六、醫療廢棄物處理及最終處置去處證明文件。
七、其他經本署指定或相關法令規定之文件。
共同處理機構其共同處理營運許可證有效期限之展延，應檢具下列文件向本署申請：一、申請書。
二、原發營運許可證。
三、醫療機構、醫事檢驗所名冊及共同關係等相關資料。
但以股份有限公司方式設立者，並應檢具投資名冊及其各該投資比例等證明文件。
四、主任管理員名冊及其取得行政院環境保護署核發之合格證書。
五、場(廠)運轉採樣及監測報告。
六、醫療廢棄物最終處置去處證明文件。
七、其他經本署指定或相關法令規定之文件。
共同清除、處理機構應於每年一月及七月十五日前向本署申報前半年之營運及操作紀錄，其申報格式及保存方式，準用公民營廢棄物清除處理機構許可管理辦法之規定。
共同清除、處理機構完工開始營運之實際營運月數不足半年時，前項營運及操作紀錄以實際營運月數申報之。
地方衛生主管機關或本署得調閱及追蹤查核共同清除、處理機構之營運、操作及申報紀錄等相關資料。
前項調閱及追蹤查核，共同清除、處理機構應配合辦理，不得規避、妨礙或拒絕。
共同清除機構之清除車輛，應於明顯處標示機構名稱、聯絡電話及許可證(函)字號。
清除感染性醫療廢棄物者，除應依前項標示外並應標示感染性事業廢棄物之特性標誌，並應隨車攜帶對該醫療廢棄物之緊急應變方法說明書及緊急應變處理器材。
共同清除、處理機構之申請作業，地方政府應積極協助解決其遭遇之問題，並予以指導、輔導之。
本署得委託特定機關(構)辦理審查、訓練、輔導、評鑑及表揚績優共同清除、處理機構及工作人員等事項。
共同清除、處理機構許可事項之變更，應依下列規定辦理：一、機構名稱、地址、負責人姓名、國民身分證統一編號及醫療機構、醫事檢驗所名冊變更時，應於變更後三十日內，檢附有關證明文件，向本署申請辦理變更。
二、主任管理員、廢棄物清除技術員或廢棄物處理技術員離職時，應於該員離職前另聘符合規定資格者接任，並於其離職或接任之日起十五日內報請本署備查。
三、除前二款規定外，其他經審查通過之申請文件內容及許可證登載事項變更時，應於變更前檢附有關證明文件，向本署申請辦理變更；本署得視其變更內容，必要時予以重新審查；經審查核准後始得變更。
共同清除、處理機構有下列情形之一，經本署通知限期完成改善，屆期未改善或未完成者，廢止其許可：一、有前條之情事，未依規定辦理變更者。
二、喪失經營業務能力或連續十二個月內無經營醫療廢棄物共同清除、處理業務者。
三、從事未經許可之業務事項，或將共同清除、處理業務轉包營運者。
四、主任管理員、清除技術員或處理技術員非在該機構全職專任其職務者。
五、營運及操作紀錄之申報、保存，未依第十七條規定辦理或內容與事實不符者。
六、違反其他法令規定，情節重大者。
共同清除、處理機構暫停營運超過三個月以上者，應於屆滿三個月後十五日內報請備查，並繳回營運許可證；如於營運許可證繳回後一年內復業者，應向本署申請發還之，始得繼續營運。
共同清除、處理機構終止營運者，應自終止營運之日起於一個月內報請本署備查，並繳回營運許可證。
未依前二項規定報備或繳回者，本署得逕予廢止其許可。
本辦法施行前已設立之共同清除、處理機構，應於本辦法施行日起三年內，依第九條或第十條規定申請核發共同清除營運許可證或共同處理營運許可證。
逾期未辦理者，本署得廢止其許可。
共同清除、處理機構廢止許可，其未完成之清除、處理業務，應依下列規定處理：一、於限期內委託合法之清除、處理機構代為清理，並將執行完成之報告書送本署備查。
二、逾期不為清除、處理時，依本法第七十一條之相關規定辦理。