本辦法依全民健康保險法（以下稱本法）第七十三條第二項規定訂定之。
本辦法所稱財務報告，指本法第七十三條第一項所定全民健康保險（以下稱健保）業務有關之財務報告。
前條財務報告不易區分健保與非健保業務者，得以保險醫事服務機構整體財務報告代之。
保險醫事服務機構自中華民國一百零二年起算之一定年限，其領取之保險醫療費用超過一定數額者，應於次年十月三十一日前，向保險人提報財務報告；其年限及數額，規定如下：一、第一年至第三年：新臺幣六億元。
二、第四年至第五年：新臺幣四億元。
三、第六年以上：新臺幣二億元。
未達前項醫療費用而主動提報者，保險人應予受理。
保險醫事服務機構提報財務報告，應依下列之機構別及程序辦理：一、醫療法人機構：依醫療法人財務報告編製準則編製，經會計師查核簽證，並出具意見書。
二、公立機構：依主計機關之規定編製，並經審計機關審定。
三、前二款以外之其他機構：依一般公認會計原則編製，經會計師查核簽證，並出具意見書。
財務報告之會計年度應採曆年制；記帳單位為新臺幣元；財務報表編製單位得為新臺幣千元。
財務報告應包括下列各項報表：一、資產負債表。
二、收支餘絀表（損益表）。
三、淨值變動表。
四、現金流量表。
五、醫務收入明細表。
六、醫務成本明細表。
前項財務報表之格式及內容，於醫療法人及公立機構，依相關法規之規定；於其他醫事服務機構，規定如附表一至附表六。
保險醫事服務機構提報之財務報告，有不符規定或缺漏者，保險人應通知限期補正，並於補正後，於網站公開之。
保險醫事服務機構未依本辦法提報財務報告，或經保險人通知限期補正，屆期未補正者，保險人應予以輔導；經輔導仍未改善者，得依全民健康保險特約醫事服務機構合約規定辦理。