為辦理全民健康保險相關業務，特依全民健康保險法第九十六條及行政院衛生署中央健康保險局組織法第八條規定，設置全民健康保險基金（以下簡稱本基金），並依預算法第二十一條規定，訂定本辦法。
本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算，以行政院衛生署為主管機關，行政院衛生署中央健康保險局為管理機關。
本基金之來源如下：一、全民健康保險保險費等相關收入。
二、菸品健康福利捐分配之收入。
三、公益彩券盈餘分配之收入。
四、聯合門診中心醫療收入。
五、本基金之孳息收入。
六、其他有關收入。
本基金之用途如下：一、全民健康保險給付相關支出。
二、聯合門診中心相關醫療支出。
三、其他有關支出。
前條第四款之收入，應專供前項第二款用途之用。
本基金之保管及運用應注重收益性及安全性，其存儲並應依公庫法及其相關法令規定辦理。
本基金為應業務需要，所為之資金運用，應依全民健康保險法第七十七條規定辦理。
本基金有關預算之編製與執行及決算編造，應依預算法、會計法、決算法、審計法及相關法令規定辦理。
本辦法自中華民國九十九年一月一日施行。
本辦法修正條文自中華民國一百零二年一月一日施行。