本辦法依全民健康保險法（以下稱本法）第三十一條第三項規定訂定之。
本法第三十一條第一項所稱給付時，指實際給付、轉帳給付或匯撥給付之時。
本法第三十一條第一項所稱所得及收入，規定如下：一、獎金：符合所得稅法第十四條第一項第三類規定應納入薪資所得項目，且未列入投保金額計算之具獎勵性質之各項給予，如年終獎金、節金、紅利等。
二、薪資所得：指所得稅法第十四條第一項第三類所稱之薪資所得。
三、執行業務收入：指所得稅法第十四條第一項第二類所稱執行業務者之業務或演技收入。
四、股利所得：指所得稅法第十四條第一項第一類所稱公司股東所獲分配之股利。
五、利息所得：指所得稅法第十四條第一項第四類所稱之利息所得。
六、租金收入：指所得稅法第十四條第一項第五類第一款所稱之租賃收入及第二款所稱之租賃所得。
前項所得及收入，以現金、票據、股票及可等值兌換現金之禮券為限。
如為股票或外國貨幣，其價格或兌換率依所得稅法相關規定辦理。
扣費義務人給付本法第三十一條第一項各類所得時，其單次給付金額達新臺幣二萬元者，應按規定之補充保險費率扣取補充保險費，並於給付日之次月底前填具繳款書，向保險人繳納。
但符合本法第三十一條第一項第一款逾當月投保金額四倍部分之獎金，應全數計收補充保險費。
有下列情形之一者，免依前項規定扣取補充保險費：一、單次給付金額逾新臺幣一千萬元之部分。
二、以雇主或自營業主身分參加本保險期間，已計入投保金額計算之股利所得。
三、專門職業及技術人員自行執業者、無一定雇主或自營作業而參加職業工會者之執行業務收入。
四、第二類被保險人之薪資所得。
五、第五類被保險人之各類所得。
六、未具投保資格或喪失投保資格者之各類所得。
七、非所屬投保單位給付且未達中央勞動主管機關公告基本工資之薪資所得。
八、對於中低收入戶成員、中低收入老人、接受生活扶助之弱勢兒童與少年、領取身心障礙生活補助費者、特殊境遇家庭之受扶助者及符合本法第一百條所定之經濟困難者，單次給付未達中央勞動主管機關公告基本工資之執行業務收入、股利所得、利息所得或租金收入。
符合本法第三十一條所定得免由扣費義務人扣取補充保險費之情形者，應於受領前，提具下列證明文件，始得免扣取。
但已列入投保金額計算保險費之股利所得，由扣費義務人逕行認定：一、專門職業及技術人員自行執業者及第二類被保險人：投保單位出具之證明資料。
二、第五類被保險人、中低收入戶成員：社政機關核定有效期限內之低收入戶、中低收入戶證明文件。
三、未具投保資格或喪失投保資格者：主動告知後，由扣費義務人向保險人確認。
四、中低收入老人、接受生活扶助之弱勢兒童與少年、領取身心障礙生活補助費者、特殊境遇家庭之受扶助者：社政機關開立之審核資格核定函。
五、符合本法第一百條所定之經濟困難者：保險人出具有效期限內之經濟困難者證明文件。
前項第一款、第二款、第四款及第五款免扣取補充保險費之身分證明，扣費義務人於必要時，得向保險人查詢確認，作為免扣取之依據。
前二項扣費義務人向保險人查詢確認之資料，自查詢確認之日起二個月內有效。
本法第三十一條第一項第一款所稱全年累計，指投保單位自當年一月一日起至當次給付被保險人獎金時之累計。
投保單位給付被保險人獎金時，若該被保險人已離職，仍應就全年累計獎金逾其退保時投保金額四倍之部分，扣取補充保險費。
公司於分配股票股利或現金股利時，應以其負責人為扣費義務人，依本法第三十一條規定扣取補充保險費。
同一基準日分配之股利，為同一次給付，給付內容同時含有股票股利及現金股利者，扣費義務人應於撥付現金股利時，從中一併扣取當次給付所有應扣取之補充保險費。
無現金股利或現金股利不足以扣取時，扣費義務人應通知保險對象，由保險人於次年收取。
前項應補繳之金額扣費義務人應於次年一月三十一日前，依規定之格式造冊，彙送保險人辦理收取之作業。
依本法第三十一條規定應扣取之補充保險費，如於給付時保險對象無現金或現金不足以扣取，依前二項規定辦理。
信託財產之股利、利息或租金收入，應以信託財產受託人為扣費義務人，於計算或分配時，依本法第三十一條規定扣取補充保險費，並得統一於次年一月三十一日前向保險人繳納。
但扣費義務人如有特殊情形，得洽保險人申請寬限至次年二月十五日繳納。
扣費義務人扣取補充保險費，應按年度通知保險對象。
但扣費義務人已依第十條規定填報扣費明細彙報保險人者，得免通知保險對象。
保險對象得向扣費義務人索取扣費證明或自扣費之次年四月一日起，向保險人索取繳費證明。
扣費義務人對於補充保險費，如有溢扣，應予退還。
如有少扣，應予補足，並得於事後向保險對象追償。
但依據第五條向保險人查詢確認資料，致有少扣，或經稅務機關更正所得類別而需繳納補充保險費者，或其他不可歸責事由致未扣、少扣補充保險費者，免予補足、追償，並得由保險人逕向保險對象收取。
保險對象應被扣取之補充保險費，如有少扣，應予補繳。
如有溢扣，得於扣取日次月起六個月內向扣費義務人申請退還，逾期得改向保險人申請退還。
但補充保險費之扣費義務人，繳納補充保險費時，一併填報扣費明細，並以電子媒體方式彙送保險人者，保險對象得逕向保險人申請退還。
依第七條第三項及第五項規定應補繳者，如其單次金額未達新臺幣一百元，得免補繳。
扣費義務人退還給保險對象之溢扣款，如為已繳納給保險人之款項，得向保險人申請退還或就其應扣繳之補充保險費扣留抵充。
扣費義務人，每年一月三十一日前，將上一年度向保險對象扣取之補充保險費金額，填報扣費明細彙報保險人。
每年一月遇連續三日以上國定假日者，扣費明細彙報期間延長至二月五日止。
但營利事業有解散、廢止、合併或轉讓，或機關、團體裁撤、變更時，扣費義務人應隨時就已扣繳保險費金額，於十日內向保險人填報扣費明細。
信託財產之扣費義務人如有特殊情形，得洽保險人申請扣費明細彙報期間延長至二月十五日。
補充保險費之扣費義務人，於繳納補充保險費時，一併填報扣費明細，並以電子媒體方式彙送保險人者，得免於每年一月三十一日前再向保險人彙報。
扣費義務人填報之扣費明細，應將受領給付者姓名、住址、國民身分證統一編號（或居留證號）、給付日期、給付所得類別、給付金額、扣費額等，依規定格式詳實填列。
保險人處理保險對象申請補充保險費溢繳之核退事件，保險人得通知扣費義務人於十日內就已扣取之保險費金額填報扣費明細送保險人查核。
扣費義務人應向保險人繳納之補充保險費，由保險人委託代收本法第十八條及第二十三條所定保險費之機構代為收取，其受託之金融機構並得轉委託其他機構辦理。
本辦法自中華民國一百零二年一月一日施行。
本辦法中華民國一百零三年七月二十一日修正發布之條文，自一百零三年九月一日施行。
本辦法中華民國一百零四年一月二十九日修正發布之條文，自一百零四年一月一日施行。
本辦法中華民國一百零四年六月十八日及一百零四年十二月二日修正發布之條文，自一百零五年一月一日施行。
本辦法中華民國一百零八年四月二日修正發布之條文，自一百零七年一月一日施行。