衛生福利部疾病管制署（以下簡稱本署）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本規程。
署長綜理署務，並指揮、監督所屬單位及人員；副署長襄助署長處理署務。
主任秘書權責如下：一、文稿之綜核及代判。
二、機密及重要文件之處理。
三、各單位之協調及權責問題之核議。
四、重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。
本署設下列組、室、中心：一、企劃組，分四科辦事。
二、感染管制及生物安全組，分三科辦事。
三、急性傳染病組，分四科辦事。
四、慢性傳染病組，分三科辦事。
五、新興傳染病整備組，分三科辦事。
六、檢疫組，分二科辦事。
七、疫情中心，分四科辦事。
八、檢驗及疫苗研製中心，分六科辦事。
九、秘書室，分二科辦事。
十、人事室，分二科辦事。
十一、政風室。
十二、主計室，分二科辦事。
十三、資訊室。
十四、臺北區管制中心，分二科辦事。
十五、北區管制中心，分二科辦事。
十六、中區管制中心，分二科辦事。
十七、南區管制中心，分二科辦事。
十八、高屏區管制中心，分二科辦事。
十九、東區管制中心。
企劃組掌理事項如下：一、傳染病防治相關法制、訴願及國家賠償。
二、傳染病防治政策與科技發展之規劃及考核。
三、防疫人員教育訓練之規劃及推動。
四、國際與兩岸防疫技術合作之規劃及推動。
五、其他有關企劃事項。
感染管制及生物安全組掌理事項如下：一、醫療照護相關感染管制政策與通報系統之規劃、建置及執行。
二、抗生素抗藥性管理政策與通報系統之規劃、建置及執行。
三、傳染病實驗室生物安全政策與系統管理之規劃、建置及執行。
四、感染管制及生物安全之研究發展。
五、其他有關感染管制及生物安全事項。
急性傳染病組掌理事項如下：一、腸道傳染病防治政策之規劃及推動。
二、病媒傳染病防治政策之規劃及推動。
三、急性呼吸道傳染病防治政策之規劃及推動。
四、國家預防接種政策之規劃及推動。
五、急性傳染病之研究發展。
六、其他有關急性傳染病防治事項。
慢性傳染病組掌理事項如下：一、愛滋病與結核病防治政策之規劃及推動。
二、愛滋病與結核病疫情之研判及處理。
三、漢生病防治政策之規劃及推動。
四、性傳染病防治政策之規劃及推動。
五、慢性傳染病之研究發展。
六、其他有關慢性傳染病防治事項。
新興傳染病整備組掌理事項如下：一、新興傳染病防治政策之規劃及推動。
二、生物病原災害應變整備政策之規劃及推動。
三、防疫物資整備政策之規劃及推動。
四、傳染病防治醫療網之規劃及推動。
五、新興傳染病之研究發展。
六、其他有關新興傳染病整備事項。
檢疫組掌理事項如下：一、檢疫政策之規劃及推動。
二、境外防疫與國際旅遊醫學之規劃及推動。
三、外籍人士健康管理政策之規劃及推動。
四、檢疫之研究發展。
五、其他有關檢疫事項。
疫情中心掌理事項如下：一、國內外傳染病疫情之監測蒐集、分析研判、報告及警訊發布。
二、傳染病通報系統之規劃、建置及執行。
三、民意、輿情之監測及回應。
四、防疫衛生教育宣導之規劃及執行。
五、疫情資料之加值應用。
六、傳染病流行病學專業人員之培訓。
七、疫情監測之研究發展。
八、其他有關疫情監測事項。
檢驗及疫苗研製中心掌理事項如下：一、傳染病之檢驗、血清疫苗製造政策之規劃及執行。
二、傳染病檢驗基準之訂定、檢驗人員之培訓、檢驗技術之研發及技術移轉。
三、生物材料庫與病原體基因資料庫之建立、分析及應用。
四、傳染病檢驗機構之指定、委託與認可、實驗室生物安全、品質保證規範之規劃及執行。
五、血清疫苗之製造、銷售及廠房管理。
六、其他有關檢驗及疫苗研製事項。
秘書室掌理事項如下：一、文書、檔案、印信、出納、庶務及財產管理。
二、不屬其他組、室、中心及區管制中心事項。
資訊室掌理事項如下：一、本署資訊應用服務策略規劃及協調推動。
二、本署資訊應用環境規劃及管理。
三、本署資通安全規劃及推動。
四、其他有關資訊事項。
臺北、北、中、南、高屏及東區管制中心，掌理事項如下：一、國際港埠衛生安全小組之運作、入出境之檢疫及港區衛生之監測管理。
二、預防接種之簽證與疫苗儲存處理、檢疫規費之徵收及檢疫憑證之簽發。
三、各區傳染病之監測管理、傳染病防治醫療網之運作及天然災害有關之防疫業務。
四、防疫物資之儲備及管理。
五、其他有關區管制中心事項。
本署處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。
本規程自中華民國一百零二年七月二十三日施行。
本規程修正條文自發布日施行。