本辦法依植物防疫檢疫法（以下簡稱本法）第十四條第二項及第十五條第二項規定訂定之。
輸入本法第十四條第一項第一款公告禁止輸入之檢疫物及第十五條第一項所定物品（以下簡稱特定物品）者，應填具申請書，並檢附下列文件、資料，向中央主管機關申請核准：一、實驗、研究、教學或展覽之計畫；其計畫應定有使用期限。
有使用核准輸入特定物品本體或其衍生物者，應於計畫中敘明。
二、擬輸入之特定物品名稱、數量、來源、基本資料及疫情資料。
三、輸入後之隔離管制計畫；其內容應包括隔離處所之地址、位置及安全隔離設施、方法。
四、包裝方法及國內、國外之運輸路線、方式。
五、其他中央主管機關指定之相關文件、資料。
前項應檢附之文件、資料有不全者，中央主管機關應通知限期補正；屆期不補正或補正不完備者，不予受理。
第一項第三款隔離管制計畫，植物檢疫機關應派員實施隔離處所之查核；經實地查核並令其限期改善而逾二個月未改善者，不予核准。
前條申請，經中央主管機關審查核准發給輸入許可證者，始得依核准內容辦理輸入。
輸入許可證自核發之日起算三個月內有效；未能於期限內輸入者，輸入人得於原輸入期限屆滿十日前，向中央主管機關申請展延一次，並以三個月為限。
核准輸入之特定物品使用期限，除申請展延外，最長以五年為限。
輸入人或其代理人輸入特定物品時，應檢附輸入許可證，向植物檢疫機關申報檢疫。
特定物品於國內運輸時，應由植物檢疫機關派員押送或加封運送；運送所需之交通工具及其相關費用，由輸入人或其代理人提供或負擔。
特定物品運抵隔離處所後，非經所在地植物檢疫機關派員核對無誤，不得開啟使用。
輸入人應在中央主管機關核准之場所，依核准之目的使用特定物品。
第二條條第一項第三款之隔離管制計畫有變更時，輸入人應填具申請書，並檢附變更隔離處所之地址、位置及安全隔離設施、方法，及包裝方法、運輸路線與方式之資料，向中央主管機關申請核准後，始得為之。
經核准輸入之特定物品，其使用期間，應受植物檢疫機關之監督，輸入人不得規避、妨礙或拒絕；使用期間發生危險性疫病蟲害時，輸入人應採取防治措施，並立即通報植物檢疫機關；其所需費用，由輸入人負擔。
特定物品所使用或接觸之容器、工具、包裝材料、栽培介質、植物或植物產品與其衍生物及其他物品，應與特定物品一併依本辦法受管制，使用後應適當處理或銷燬。
特定物品供實驗、研究及教學用，且使用期限在一年以上者，輸入人應於每年三月三十一日前，將前一年度使用之管理紀錄，報植物檢疫機關備查。
輸入人應於特定物品及其衍生物之核准使用期限屆滿時，會同植物檢疫機關辦理再輸出或銷燬。
供實驗、研究、教學用途之特定物品，輸入人得於核准使用期限屆滿三十日前，向中央主管機關申請核准延長使用，每次展延以五年為限。
供展覽用途之特定物品，得於核准使用期限屆滿三日前申請展延，其展延期限不得超過核准展覽計畫之使用期間。
輸入人申請前項展延時，應檢附使用紀錄、使用情形報告、展延使用之原因及後續安全隔離管制計畫等資料，植物檢疫機關認有必要時，得派員實地查核。
除以展覽為目的申請輸入者外，輸入人得於核准使用期限屆滿三十日前，向中央主管機關申請解除使用管制。
前項申請，經中央主管機關專案審核確定無疫病蟲害之虞者，得予解除管制。
輸入人應於核准使用期限屆滿後三十日內，向中央主管機關提出結果報告；其相關之報告或著作，應記明輸入許可證號碼。
輸入供實驗、研究用之黃果蠅（Drosophilamelanogaster）及其他經中央主管機關公告之特定物品時，不適用第三條第二項、第三項、第四條第二項、第三項、第五條第五項、第六條及前條規定；其輸入許可證之有效期限自核發之日起至當年十二月三十一日止。
輸入人分送前項黃果蠅及其他經中央主管機關公告之特定物品及其衍生物供其他政府機關、機構、公營事業機構、學校、法人或依法設立登記之團體（以下簡稱使用人）進行實驗、研究前，應檢附分送計畫，向中央主管機關申請核准，始得進行分送及接收使用。
前項使用人應具備隔離處所，並經植物檢疫機關審查合格。
第一項及第二項黃果蠅與其他特定物品及其衍生物，輸入人及使用人使用完畢後，應予銷燬。
輸入人及使用人輸入、分送、接收或銷燬第一項及第二項之黃果蠅與其他特定物品及其衍生物時，應填寫使用紀錄表，並保存三年，供植物檢疫機關查核。
植物檢疫機關應於每年十月至十二月，派員查核第三項隔離處所及前項使用紀錄。
使用人之隔離處所經查核不合格或未依第五項規定填寫或保存使用紀錄表者，植物檢疫機關得廢止其核准與停止其下年度接收及使用資格，並令其限期全數銷燬使用之黃果蠅及其他特定物品及其衍生物。