本辦法依農民健康保險條例第四十二條第二項規定訂定之。
農民健康保險基金(以下簡稱本基金)為預算法第四條第二款第五目所定之特種基金，並依預算法第十七條規定，以歲入、歲出之一部列入總預算，為附屬單位預算。
本基金收支管理及運用由臺閩地區勞工保險局辦理，基金運用計畫及基金預(決)算等，由農民健康保險監理委員會(以下簡稱監理會)審核，並依有關法令規定辦理。
本基金來源如左：一、創立時政府一次撥付之金額。
二、當年度保險費及其孳息收入，與保險給付支出之結餘。
三、保險費滯納金。
四、基金運用之收益。
本基金之運用範圍如左：一、對於公債、庫券及公司債之投資。
二、存放於國家銀行或中央、直轄市政府指定之公營銀行。
三、中央主管機關核准有利於本基金收入或農民健康保險業務之投資。
前條第三款所稱中央主管機關核准有利於本基金收入之投資，包括購買金融債券、銀行保證之商業票據及投資於其他有利於本基金收入事業；所稱農民健康保險業務之投資包括自設醫療機構之投資及特約公立醫療機構農保病房整修之貸款等有關事項。
本基金運用於第五條第一款及第二款之比例，最少不得低於運用當時基金總額百分之七十；投資於第五條第三款之比例，最多不得超過運用當時基金總額百分之三十。
本基金之運用，依左列程序辦理：一、投資於公債、庫券、公司債、金融債券、銀行保證之商業票據之時機、種類、金額等，應先提經監理會核通過，到期續購或出售應用時亦同。
二、貸放特約公立醫療機構整修擴建農保病房之用時，其貸放對象、金額、收回貸款方式、整修擴建計畫等，應先提經監理會審核通過。
三、投資於自設醫療機構或其他有利於本基金收入之事業，應將投資計畫包括設置地點、投資金額、經營方式及投資基金收回方式等，先提經監理會核通。
四、存放銀行之定期(優利)存款，應將存儲於國家銀行及直轄市行庫之比例，先提經監理會審核通過。
本基金之收支、運用情形及積存數額，應按月提監理會審核後層報中央主管機關備查，並由中央主管機關按年公告之。
本基金會計之處理，應獨立計算，其會計報告及年度決算，除提監理會審核外，並依有關法令規定辦理。