本辦法第農會法第五條第一項及同法施行細則第十二條訂定之。
各級農會共同經營機構區分左列三類：一、上下級農會共同組織者。
二、同級農會共同組織者。
三、不同級農會共同組織者。
各級農會共同經營之事業以農會法第四條第一項所列各款事業並經主管機關核准者為限，其減免稅部分依同條第二項之規定，並由內政部協調財政部辦理。
農會參加共同經營事業應簽訂共同經營契約，明定權利義務。
各級農會參加共同經營事業應繳納共同經營機構出資金。
各級農會共同經營機構應設管理委員會及監察人(會)，由出資農會各推派代表一人，依左列規定組織之：一、管理委員九人，監察人三人，但出資農會代表在十二人以下者，除一人為監察人外，其餘為管理委員。
前款管理委員、監察人由出資農會按出資比率互選。
但出資農會持有資金比率超過總資金百分之八以上之代表，其當選名額不得超過應選名額二分之一，並於章程中訂定之。
二、管理委員會置主任委員一人為法定代表人。
由管理委員互選之，監察人會置常務監察人一人，由監察人互選之。
三、九人以下管理委員會之主任委員，應按出資比率產生。
四、管理委員及監察人之任期均為四年，其因農會改選或因其他事故，得由原產生農會另派代表繼任之。
各級農會共同經營機構以管理委員會為最高權力機構，管劃管理全盤業務，監察人(會)監察業務及財務。
各級農會共同經營機構採經理人責任制，經理人由管理委員會聘任，向管理委員會負責，經理人以外員工由經理人聘任及指揮監督。
經理人應聘時，應提出經管理委員會認可之本人或保證人財產之保證。
前項經理人係指共同經營機構廠、場負責人。
管理委員會應於年度開始前依據生產或銷售設備能量及供求關係等資料提出經營目標，交付經理人據以擬訂年度經營計畫，提經管理委員會通過後執行，年度終了，經理人應向管理委員會提出年度經營報告。
前項經營目標，應報經主管機關核備。
各級農會共同經營機構之編制人事及財務，應依企業化經營原則及各該共同經營機構之需要，訂定章程或辦事細則，提經管理委員會通過並報主管機構核備後行之。
共同經營機構執行年度經營計畫之成果未能達經營目標時，應解聘經理人；如執行成果超過經營目標時，得以超出部分之盈餘百分之十五提作績效獎金。
各級農會共同經營機構年度盈餘，除以百分之三十提撥事業基金，百分之十以內提撥委員、監察人及工作人員酬勞金外，餘按出資金比率及農會供運銷額分配出資農會，充作農業推廣教育及文化、福利事業費。
本辦法發布前已設立之各級農會共同經營機構，應於本辦法發布之日起一年內，依本辦法之規定辦理。