直轄市、縣（市）主管機關應邀請漁政、農業金融、漁會輔導等有關機關及全國漁會，依區漁會考核計分表所定考核項目與計分基準（如附表一），辦理區漁會會務、業務及財務年度考核。
前項年度考核，應於每年六月底前完成評定，並將年度考核評定成績連同附表一以書面送達受考核漁會、有關機關、全國漁會，並報中央主管機關備查。
全國漁會由中央主管機關依全國漁會考核計分表所定考核項目與計分基準（如附表二）辦理年度考核。
漁會年度考核，以一百分為滿分，並以評定成績列等，九十分以上列優等，八十分以上未滿九十分列甲等，七十分以上未滿八十分列乙等，六十分以上未滿七十分列丙等，未滿六十分列丁等。
漁會有下列情事之一者，該年度考核成績不得評定為優等：一、年度決算虧損。
二、漁會人員有人謀不贓、營私舞弊、盜用公款情事，經提出民事或刑事訴訟判決確定。
但漁會自行查報者，不在此限。
三、財產之累計折舊應提足未提足且未訂定改善計畫送主管機關核定，或未依主管機關核定之改善計畫辦理。
四、漁會信用部辦理業務，有農業金融法第三十條所定情事，經中央主管機關停止總幹事、信用部主任或分部主任之職權或解除其職務。
五、漁會信用部辦理業務，有農業金融法第三十三條準用銀行法第六十一條之一第一項所定情事，經中央主管機關停止漁會信用部部分業務。
六、漁會產製之漁產加工食品違反食品安全衛生管理法，經食品衛生主管機關依食品安全衛生管理法第四十四條、第四十五條、第四十七條或第四十八條規定，命其歇業、停業一定期間、廢止其公司、商業、工廠之全部或部分登記事項或食品業者之登錄。
七、其他違反漁會法、農業金融法及其相關法令規定，經直轄市或縣（市）主管機關報經中央主管機關，或由中央主管機關認定重大缺失事項。
漁會有下列情事之一，該年度考核成績不得評定為甲等以上：一、有累積虧損，未訂定彌補計畫送主管機關核定；或未依主管機關核定之彌補計畫辦理。
二、違反漁會人事管理辦法第十三條第三項規定，拒絕聘任經新進聘任人員考試合格者。
三、違反漁會人事管理辦法第二十二條規定，總幹事進用其本人或現任理事、監事之三親等以內血親、姻親為漁會勞工者。
漁會對於年度考核評定成績如有異議，應以書面敘明理由，並檢附相關佐證資料，於成績送達之日起十五日內，向主管機關申請復評，並以一次為限；逾期申請者，主管機關應不予受理。
主管機關為辦理復評，應組成復評小組，並應於受理日起一個月內，召開復評小組會議完成復評。
復評小組開會通知單應於會議七日前，併同漁會申請復評資料及主管機關就復評項目內容之意見，以書面送達復評小組委員。
復評小組開會時，應邀請申請復評漁會列席說明。
復評小組委員組成如下：一、直轄市、縣（市）主管機關復評小組九人：（一）中央主管機關主管漁政、農業金融、漁會輔導業務代表各一人。
（二）直轄市或縣（市）主管機關代表一人。
（三）全國漁會、中華民國農民團體幹部聯合訓練協會指派之代表各一人。
（四）學者、專家三人。
二、中央主管機關復評小組七人至九人：（一）中央主管機關主管漁政、農業金融、漁會輔導業務代表各一人。
（二）中華民國農民團體幹部聯合訓練協會指派之代表一人。
（三）學者、專家三人至五人。
復評小組委員應親自出席會議，並由委員互推一人為主席。
復評小組會議應就漁會申請之復評項目逐項討論。
復評小組委員對會議之決議有不同意見時，得提出意見列入紀錄。
復評小組會議紀錄應載明下列事項：一、主席姓名。
二、出席及請假委員姓名。
三、列席人員姓名。
四、記錄人員姓名。
五、各復評項目內容之決議。
六、復評後漁會年度考核成績。
主管機關應於復評小組會議完成之次日起十日內，依復評小組所為決議核定復評成績，並將復評成績以書面送達申請復評漁會、有關機關；其屬直轄市、縣（市）主管機關辦理復評者，並應送達全國漁會並報請中央主管機關備查。
漁會年度考核成績評定結果，考列甲等以上之漁會，主管機關得頒給獎狀，以資鼓勵。
漁會年度考核成績評定結果，考列乙等以下之漁會，應就其缺失事項研提改進措施提報理事會作成決議，並列管追蹤，主管機關應督導之。
主管機關辦理漁會年度考核時，發現漁會有廢弛會務或其他重大事故者，應依漁會法第四十八條規定辦理。
主管機關辦理漁會年度考核時，發現漁會理事、監事或總幹事有違反法令、章程，嚴重危害漁會之情事，應依漁會法第四十九條規定辦理；發現漁會聘、僱人員有違反法令、章程或業務違失之情事，應令漁會依漁會人事管理辦法規定辦理。
辦理漁會考核人員，有不實情事，應依有關法令規定追究其責任。
漁會選任及聘、僱人員有提供不實資料或以不正當方法，影響漁會考核評定成績者，亦同。