本辦法依再生水資源發展條例（以下簡稱本條例）第九條第七項規定訂定之。
申請籌設再生水經營業，其發起人或股東應檢具申請書（如附件）、資本額證明文件載明下列事項，向公司設立所在地直轄市、縣（市）主管機關或特定園區目的事業主管機關（以下簡稱該管主管機關）申請籌設許可：一、公司名稱、地址及負責人。
二、公司章程草案。
三、營業計畫。
四、全體發起人或股東名冊及其身分證明文件影本。
五、資本額及各發起人或股東認股金額。
申請增設再生水經營業之營業項目者，應檢附申請書（載明前項第一款及第三款事項）、資本額證明文件及下列文件，向公司所在地該管主管機關申請籌設許可：一、公司登記證明文件。
二、公司章程修正草案。
三、同意增設再生水經營業之董事會及股東會議事錄或全體股東同意書。
四、辦理增資者，其增資後之資本額。
前二項申請人公司所在地位於特定園區者，應向該園區之目的事業主管機關申請。
第一項第三款營業計畫應載明公司組織、經營方針、財務規劃及股東或發起人相關水處理興建或營運實績，並檢附人力組成及其專業技術證明文件。
該管主管機關審查第一項及第二項書件內容合格者，應發給籌設許可，並載明下列事項：一、申請人基本資料：公司名稱、地址、負責人及預計資本額。
二、同意籌設再生水經營業之說明。
三、核發日期。
四、應於核發日起一年內辦妥公司設立登記或公司營業項目變更登記，未辦妥者，籌設許可失其效力。
再生水經營業為股份有限公司者，其設立時之實收資本額不得低於新臺幣一億元；為股份有限公司以外之公司組織者，其資本總額不得低於新臺幣一億元。
該管主管機關依本條例第八條第一項或第三項規定受理再生水開發案之興建許可及廢（污）水或放流水使用許可申請，依下列程序辦理：一、第一階段：該管主管機關於受理再生水經營業提出之再生水興建及營運規劃書，經評估可行後，應就申請標的下水道系統可申請取用之廢（污）水或放流水量，公告一個月至三個月徵求其他民間申請人提出再生水興建及營運規劃書，期滿各申請案併同審查。
二、第二階段：第一階段審查通過之申請人，應於審查通過日起六個月內提出再生水興建及營運計畫書。
該管主管機關依政府採購法、促進民間參與公共建設法或其他法律規劃及興辦之再生水開發案，免依第一項規定辦理，其依法規或契約所提之興建、營運計畫書、投資執行計畫書或其他相關書件，如包含第五條第二項內容，視為本條例第九條第三項之再生水興建及營運計畫書。
前條第一項第一款規定再生水興建及營運規劃書，應載明下列事項：一、再生水經營業基本資料。
二、開發案規劃地點及土地取得使用之方式。
三、預計使用廢（污）水或放流水之下水道系統名稱及使用水量。
四、預計供水範圍及供水對象使用意向書。
五、財務計畫可行性評估。
前條第一項第二款規定之再生水興建及營運計畫書，應載明下列事項：一、興辦主體。
二、開發案之說明。
三、再生水廠廠區及供水設施規劃用地之地號、面積、土地所有權、使用權或他項權利及土地分區管制說明，並檢附土地登記謄本、地籍圖謄本及土地同意使用證明文件。
四、取用下水道系統名稱、取用水量及申請使用許可年限。
五、再生水廠與供水設施之平面配置及其基本設計。
六、施工期程與施工查核、檢驗及認證之品管計畫。
七、試運轉規劃。
八、供水量、水質標準、供水區域及供水期程。
九、申請取用水量五成水量以上之供水契約。
十、涉及下水道系統須變更或增建之部分。
十一、營運規劃。
十二、財務計畫及經濟分析。
十三、水污染防治計畫概要。
十四、人員配置。
十五、水質監測機制。
十六、水量自動監測機制。
十七、污染與環境衝擊控制。
十八、定期檢查、維護管理及歲修養護，包括項目、頻率及方式。
十九、緊急應變措施、演練計畫及備援規劃。
二十、預期效益與影響。
前項第十九款規定事項指因應下列事件辦理之措施、計畫及備援規劃：一、無法取得足夠廢（污）水或放流水。
二、發生風災、水災、震災、旱災、土石流災害或其他天然災害，達行政院發布之災害緊急通報作業規定所定丙級災害規模以上。
三、發生火災、爆炸、暴力滋擾、停電或其他意外事件，致設施或設備損毀或無法正常供水。
四、發生取水構造物、供水設施及水處理設備之異常情形而造成水污染等。
五、其他經該管主管機關指定之事件。
該管主管機關受理第四條第一項規定許可申請案件，書件內容不完備者，應通知申請人限期補正，以一次為限；逾期未補正或補正不符規定者，駁回其申請。
前項補正期間不計入審查期間。
該管主管機關為審查第四條第一項規定申請，應會同中央主管機關及中央下水道主管機關，並得邀集相關機關代表、專家、學者組成審查會為之，必要時得通知申請人列席說明。
該管主管機關審查第四條第一項第一款規定之第一階段申請，應於公告期間屆滿後三個月內完成，必要時得延長一次，以三個月為限，並將審查結果通知申請人。
該管主管機關審查第四條第一項第二款規定之第二階段申請，應於收受再生水興建及營運計畫書之日起六個月內完成審查，必要時得延長一次，以六個月為限。
該管主管機關審查再生水興建及營運計畫書通過者，應核發興建許可及廢（污）水或放流水使用許可。
廢（污）水或放流水使用許可之有效期為十年至十五年，自營運許可生效日起算。
該管主管機關依促進民間參與公共建設法興辦再生水開發案，不適用前項規定。
再生水經營業得委託專業顧問機構執行再生水開發案之施工查核、檢驗及認證之品管工作。
前項專業顧問機構，以領有技術顧問公司登記證之工程技術顧問公司為限。
第一項委託應於再生水開發案施工前，向該管主管機關提出擬委託之專業顧問機構執行計畫，報請該管主管機關備查。
施工後，如有變更亦應報請備查。
前項執行計畫應載明工程查核、檢驗及認證之類別、項目、方式、時程、報告格式及其他應記載事項。
再生水經營業如需展延工期，應於施工期程屆滿前六個月，檢附下列資料，向該管主管機關提出申請：一、基本資料：名稱、負責人、地址、聯絡方式。
二、再生水開發案興建許可及廢（污）水或放流水使用許可影本。
三、展延原因及影響。
四、展延工期。
前項展延以二次為限，展延工期總和不得超過原許可工期之半數。
但因非可歸責於再生水經營業之事由，並經該管主管機關同意者，不在此限。
依促進民間參與公共建設法興辦之再生水開發案，不適用本條規定。
再生水經營業應於再生水開發案興建完成後，檢附下列書件報請該管主管機關辦理查驗：一、竣工報告。
二、試運轉報告：再生水經營業應自行辦理至少連續三十日之試運轉。
三、施工查核、檢驗及認證之品管報告。
四、檢查維護手冊。
五、專業技師監造簽證報告。
前項第一款規定之竣工報告應包括設施及設備之竣工圖樣、電腦圖檔及相關操作手冊。
第一項第二款規定之試運轉報告應包括下列事項：一、取水構造物、水處理設施及供水設施之主要設備單體測試結果。
二、系統測試結果。
三、處理效率測試結果。
第一項第三款規定之施工查核、檢驗及認證之品管報告，得以專業顧問機構執行第九條工作之報告為之。
第一項第四款規定之檢查維護手冊應包括第五條第二項第十四款至第十九款規定之內容，並配合完工實際情形修正，無需依第十六條第一項規定辦理變更許可。
第一項第五款規定之專業技師監造簽證報告應符合再生水取水構造物與水處理設施及供水設施專業技師簽證規則。
第三項第三款規定之處理效率測試結果，須由經行政院環境保護署核發許可證之環境檢驗測定機構，依行政院環境保護署環境檢驗所公告之標準檢驗方法辦理之水質檢驗結果，並符合再生水水質標準及使用遵行辦法第二條規定。
該管主管機關審查前條書件及辦理現場查驗，得邀集相關機關代表、專家、學者組成審查會為之，或委託相關機構或團體協助辦理。
該管主管機關辦理前項現場查驗，應通知再生水經營業及辦理設計、監造簽證之專業技師到場，必要時得令再生水經營業現場人員操作演練。
該管主管機關辦理查驗，其查驗結果與許可內容不符時，應通知再生水經營業限期改正。
再生水經營業於期限內改正後，應以書面載明改正情形報請該管主管機關辦理複驗。
再生水開發案經查驗合格後，再生水經營業應檢具依建築法令、消防法令及環境污染法令規定所取得之執照、許可或同意，向該管主管機關申請核發營運許可。
該管主管機關核發營運許可，應記載事項如下：一、再生水經營業基本資料。
二、開發案之說明。
三、取用下水道系統名稱與位置、取用水量。
四、廢（污）水或放流水使用許可及營運許可效期起迄日。
五、供水量、供水區域及供水期程。
六、其他應記載事項。
再生水經營業依本條例第九條第五項規定申請再生水興建及營運計畫書變更許可者，應檢附變更理由、變更內容對照表及相關證明文件，報請該管主管機關許可。
前項變更涉及第五條第二項第四款至第八款、第十款規定或因再生水經營業名稱或組織變更者，應另加附變更計畫，說明變更內容及其相關圖說或證明文件；其涉及第五條第二項第五款至第七款事項者，應依第九條至第十一條及第十四條規定辦理。
再生水經營業申請再生水開發案之移轉，應檢附移轉計畫書載明下列事項及相關證明文件。
一、移轉事由。
二、受移轉人之再生水經營業登記證明文件、人力組成及其專業技術證明文件、相關水處理興建或營運實績。
三、現有供水契約之用水人同意該契約之移轉。
四、移轉人經許可之再生水興建及營運計畫書及其修正內容與差異對照表。
前項營運許可之移轉申請，應另檢具檢查維護手冊之修正內容及差異對照表。
該管主管機關審查前二項移轉計畫書及相關證明文件合格，應核發興建或營運許可、廢（污）水或放流水使用許可之移轉許可，其效期以原許可剩餘效期為限。
第一項第四款規定涉及第五條第二項第五款至第七款規定事項者，應依第九條至第十一條及第十四條規定辦理。
受移轉人應概括承受移轉人依第三項許可之再生水興建及營運計畫書相關權利義務。
再生水經營業之合併或分割，準用本條規定。
再生水經營業於再生水開發案之廢（污）水或放流水使用許可及營運許可有效期限屆滿前二年起六個月內，得依第四條第一項第二款及第五條第二項規定重新申請。
再生水經營業未依前條規定提出申請或依前條申請未通過者，該管主管機關應於營運許可有效期限屆滿前六個月，通知其限期回復原狀或為適當處置，未依期限辦理者，由該管主管機關依相關法令辦理。
該管主管機關審查第十六條第二項、第十七條及第十八條規定之申請案準用第六條、第七條第一項及第三項規定。