經濟部水利署(以下簡稱本署)掌理下列事項：一、水利與自來水政策、法規之擬訂及執行事項。
二、水利與自來水事業之調查、規劃及興辦之審議、協調與督導事項。
三、河川流域保育經理之整體調查規劃、治理計畫之擬訂及水土資源經理分工協調事項。
四、水道變更、防護與治理計畫之擬訂、執行及審議事項。
五、水資源調查、開發、利用、保育、經營管理及統籌調配事項。
六、水權登記、管理及監督事項。
七、水庫安全、經營管理、水庫集水區保育治理及水源涵養保護事項。
八、自來水事業及其他水利團體之指導、監督事項。
九、水文測驗調查、水利資訊系統建立、科技發展、技術合作、試驗研究及資料處理服務事項。
十、中央水、旱災之防救事項。
十一、執行農田水利事業興辦、管理、審議、協調及接受委託督導農田水利事業團體事項。
十二、其他有關水利行政事項。
本署設秘書室，掌理研考、議事、公共關係、文書、檔案、印信、出納、事務管理、財產管理及不屬於其他各組、室事項，並得分科辦事。
本署設資訊室，掌理有關資訊業務之規劃、開發及管理事項，並得分科辦事。
本署置署長一人，職務列簡任第十三職等，綜理署務，並指揮監督所屬員工；副署長二人至三人，職務列簡任第十二職等，襄助署務。
本署置總工程司一人，職務列簡任第十一職等至第十二職等；主任秘書一人，組長八人，職務均列簡任第十一職等；副總工程司五人，職務列簡任第十職等至第十一職等；副組長八人，職務列簡任第十職等；專門委員十二人，主任一人，職務均列薦任第九職等至簡任第十職等；科長四十二人，職務列薦任第九職等；正工程司六十九人至七十三人，秘書十人至十二人，視察十五人至二十二人，分析師一人至三人，職務均列薦任第八職等至第九職等，其中正工程司二十三人，秘書四人，職務得列簡任第十職等；副工程司七十四人，專員十九人至二十二人，職務均列薦任第七職等至第八職等；設計師一人至二人，管理師一人至二人，職務均列薦任第六職等至第八職等；助理工程司六十三人，科員四十三人至四十六人，職務均列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；助理設計師一人，職務列委任第四職等至第五職等；辦事員十人至十四人，職務列委任第三職等至第五職等；書記四人至十人，職務列委任第一職等至第三職等。
本條例施行前，原經濟部水資源局原依雇員管理規則僱用之現職雇員，其未具公務人員任用資格者，得占用前項書記職缺，繼續僱用至離職時為止。
本署設人事室，置主任一人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等，依法辦理人事管理事項；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。
本署設會計室，置會計主任一人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等，依法辦理歲計、會計及統計事項；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。
本署設政風室，置主任一人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等，依法辦理政風事項；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。
第六條至第十條所定列有官等、職等人員，其職務所適用之職系，依公務人員任用法第八條之規定，就有關職系選用之。
本署為應災害防救及河川勘測業務需要，得設水利防災中心及河川勘測隊。
前項水利防災中心置主任一人，勘測隊置隊長一人，均由簡任正工程司兼任；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。
本署視實際業務需要，得於重要地區及河川流域設各區水資源局及各河川局；其組織另以法律定之。
本署為辦理水利事業之調查、試驗、研究及規劃事項，得設水利規劃試驗所；其組織另以法律定之。
本署為辦理臺北水源特定區之水庫集水區保育、治理及管理工作，得設臺北水源特定區管理局；其組織另以法律定之。
本署為統籌經營管理重要流域內之水資源涵養、開發利用、水害防治及保育工作，得設流域管理機關；其組織另以法律定之。