本條例依經濟部組織法第十三條及加工出口區設置管理條例第四條規定制定之。
經濟部加工出口區管理處(以下簡稱本處)掌理加工出口區設置管理條例所定事項。
本處設四組，分別掌理前條所定事項；各組並得分科辦事。
本處設秘書室，掌理總務、文書、印信、檔案管理、出納、公共關係、法制、各區公有財產保管之督導及其他不屬各組、室事項。
本處置處長一人，職務列簡任第十三職等，綜理處務；副處長二人，職務列簡任第十二職等，襄理處務。
本處置主任秘書一人，組長四人，職務均列簡任第十一職等；副組長四人，職務列簡任第十職等；專門委員三人至五人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等；科長十二人，職務列薦任第九職等；秘書二人，技正八人至十人，分析師一人，職務均列薦任第八職等至第九職等，其中技正二人，職務得列簡任第十職等；專員十四人至十八人，職務列薦任第七職等至第八職等；管理師二人，職務列薦任第六職等至第八職等；科員二十三人至三十人，技士七人至十一人，職務均列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；助理管理師二人，職務列委任第四職等至第五職等，其中一人，職務得列薦任第六職等；辦事員十五人至十七人，職務列委任第三職等至第五職等；書記十四人至十七人，職務列委任第一職等至第三職等。
本處設人事室，置主任一人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等，依法辦理人事管理事項；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。
本處設會計室，置會計主任一人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等，依法辦理歲計、會計及統計事項；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。
本處設政風室，置主任一人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等，依法辦理政風事項；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。
第五條至第九條所定列有官等職等人員，其職務所適用之職系，依公務人員任用法第八條規定，就有關職系選用之。
本處得商請警察主管機關，在各加工出口區設置警察單位，兼受管理處之指揮，依法辦理加工出口區內有關警察業務。
本處得商請消防主管機關，在各加工出口區設消防單位，依法執行消防及災害防救業務。
前項消防單位，兼受本處之指揮、監督。