本辦法依國家機密保護法(以下簡稱本法)第二十四條第二項規定訂定之。
本辦法所稱涉及國家機密，指檢察機關辦理之案件，而由其他機關或人員所提供、答復或陳述之內容為國家機密者。
本辦法所稱國家機密及其等級，依本法第二條、第四條之規定。
檢察機關人員對職務上所知悉之國家機密，負有保密之義務，不得洩漏。
退、離職後亦同。
前項人員未經檢察首長或其指定人員之授權，不得以私人或機關名義，發表與國家機密相關事項之意見。
檢察機關應指定專責人員負責辦理有關國家機密文書之拆封、分文、保管、繕校、蓋印、封發及歸檔等事項。
檢察機關應設置存放國家機密卷證、資料及檔案之專區，並與一般檔案、贓證物品分別存放。
前項國家機密卷證、資料之存放場所應由專責人員管理，並應另備保險箱或其他具安全防護功能之金屬箱櫃，裝置密鎖存放之；必要時，應存放於保險室或密室中，並裝置警報及監視系統。
前項密鎖、警報及監視系統，至少每月應檢查一次，確保其安全。
機密檔案之存放場所，對於人員、物品之進出，應予以管制，並造冊列管，載明進出人員、時間、目的。
國家機密送達檢察機關時，收發人員應先確認封口有無異狀後，始行拆封。
如有異狀，應報請檢察首長或其指定人員處理。
收發人員拆封後，應核對其內容及附件。
收發人員應依封套記載情形登記，其處理方式如下：一、受文者為機關或機關首長者，送機關首長或其指定人員啟封。
二、受文者為其他人員者，逕送各該人員本人啟封。
涉及國家機密之案件，得指定專責檢察官偵辦，並負責偵辦期間之相關卷證、資料之保管。
但經檢察首長或其指定人員之核准，得另行指定專責人員保管，存放指定之處所。
前項案件未經檢察首長或其指定人員之許可，不得將卷證、資料攜離辦公或指定處所。
製作涉及國家機密案件筆錄之人員，應於當日整理完畢，送交檢察官保管。
向其他機關調借國家機密資料，有複製之必要時，應先經原核定機關或其上級機關有核定權責人員以書面授權或核准後，始得為之。
前項國家機密之複製物，應指定專責人員製作，並註明原件之機密等級、保密期限或解密條件、複製物字樣及其份數。
檢察機關之卷證有複製之必要時，經檢察首長或其指定人員之核准，始得指定專責人員在辦公處所內為之。
第一項及第三項之複製物，應視同原件，依本法規定保護之。
以電腦系統處理與國家機密有關之文書時，應加密處理。
涉及國家機密之簽擬、封發及傳遞方式如下：一、涉及國家機密文書之分文(交辦)、陳核(判)、送會、送繕、退稿、歸檔等流程，由承辦檢察官親自或其指定之人員傳遞為原則，傳遞時，應使用保密封套或專用加鎖之保密箱(夾)。
二、涉及國家機密文書之簽擬稿、繕印、打字時，因誤繕、誤印之廢紙、複印紙等，相關人員應即時銷毀之。
三、涉及國家機密之文書對外發文時，其封發，應使用雙重封套，內封套左上角加蓋『機密』文字，並加密封，上下兩端封口應加蓋「密封」戳記，外封套應有適當厚度，內外封套均註明收(發)文地址、收(發)文者，暨發文字號。
但外封套不得標示機密等級或其他足以顯示內容之註記。
四、涉及國家機密之文書之傳遞，完成前款之程序後，得派專人送達，不宜以電子公文交換。
因偵辦案件需要，檢察機關內部調借國家機密卷證、資料或檔案，應填具調卷單，經檢察首長或其指定人員之核准，始得向保管人調借。
檢察官因偵辦案件，有向其他機關調借涉及國家機密大型證物之必要時，應親赴證物所在地勘驗之。
涉及國家機密之案件偵查終結時，其製作之書類，不宜詳載國家機密之內容。
前項案件，如經提起公訴、聲請簡易判決處刑、依職權或聲請送再議或聲請交付審判者，相關之卷證，應由專責人員遞送該管法院或上級檢察機關。
涉及國家機密之案件提起公訴或有全程到庭實行公訴之必要時，相關卷證之複製、移交，依第十條、第二十二條規定辦理。
因偵辦案件，向其他機關調借之國家機密原件，應於偵查終結後，立即歸還。
前項情形，所調借或製作之國家機密複製物，除因全程到庭實施公訴或送上級檢察機關審查者外，亦適用前項規定。
涉及國家機密案卷歸檔時，承辦人員應使用機密檔案專用封套裝封，並於封面上註明案由、案號、偵查終結情形及日期、裝封年月日、頁數、件數、附件數、保存年限、機密等級及解密條件，封口加蓋印章或職名章，於辦理歸檔後，送指定專區存放。
前項專用封套，檢察機關得視業務需要，參考檔案中央主管機關設計之範例，自行統一規格訂製使用。
國家機密案卷之管理人員點收機密檔案時，僅得依封套上記載事項檢視，不得拆開封套；經確認無誤後，應於歸檔清單及封面上註記點收日期或蓋點收章備查。
有關歸檔事項，本辦法未規定者，適用機密檔案管理辦法之規定。
涉及國家機密案卷歸檔後，其他機關如有調借必要，應以書面提出請求，經檢察首長或其指定人員之核准，始得提供。
其調借、歸還之程序，本辦法未規定者，適用機密檔案管理辦法之規定。
獲知機密資料洩漏或遺失後，應即採取下列方式處置：一、通知原核定機關或相關機關研採適當補救措施，以減少因洩密所產生之損害。
二、通知政風單位調查洩密之責任與原因。
保管國家機密案卷人員調、離職務時，應將所保管之機密，逐件移交接任人員，並親自列冊簽陳核備。
本辦法所定由檢察官處理之事項，非簽請檢察首長或其指定之人員核准，不得委由他人為之。