第一章總則
營利事業應委託會計師辦理所得稅查核簽證申報之實施範圍與原則及會計師辦理所得稅查核簽證申報之程序與方法，應依本辦法之規定辦理；本辦法未規定者，依其他有關法令之規定辦理。
第二章實施範圍與原則
下列各營利事業，其營利事業所得稅結算申報，應委託經財政部核准登記為稅務代理人之會計師查核簽證申報：一、銀行業、信用合作社業、信託投資業、票券金融業、融資性租賃業、證券業(證券投資顧問業除外)、期貨業及保險業。
二、公開發行股票之營利事業。
三、依原獎勵投資條例或促進產業升級條例或其他法律規定，經核准享受免徵營利事業所得稅之營利事業，其全年營業收入淨額與非營業收入在新臺幣五千萬元以上者。
四、依金融控股公司法或企業併購法或其他法律規定，合併辦理所得稅結算申報之營利事業。
五、不屬於以上四款之營利事業，其全年營業收入淨額與非營業收入在新臺幣壹億元以上者。
營利事業依前條規定，其營利事業所得稅結算申報，應委託會計師查核簽證申報者，在首次委託時，如因會計作業未達標準，得由受託之會計師會同營利事業於結算申報期限屆滿前，報經稽徵機關核准自次一會計年度起實施查核簽證申報。
營利事業未依第三條規定委託會計師辦理營利事業所得稅查核簽證申報者，稽徵機關應對其申報案件加強查核。
第三章查核簽證程序與方法
會計師辦理所得稅查核簽證申報工作，有關會計事項及納稅事務，依所得稅法、促進產業升級條例、中小企業發展條例、企業併購法、營利事業所得稅查核準則、營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則及有關法令之規定；其未規定者，依一般公認會計原則。
會計師辦理所得稅查核簽證申報工作，對於帳簿文據、所得稅申報書表之查核，簽證申報查核報告書意見之表達，須保持公正嚴謹之態度，維護公私法益。
會計師查核前，應對委任人進行瞭解，蒐集下列有關資料，並作成紀錄：一、事業之資本及營業規模、主要業務及產品、組織系統及部門職掌等。
二、主要股東、董監事、各管理階層及重要會計人員。
三、分層負責情形。
四、監察人意見，董事會及股東會紀錄或摘要。
五、會計制度及內部會計控制狀況。
六、其他應行瞭解事項。
會計師應將前項資料作成檔案，於受委任期間，逐年檢視其內容，並予更新或補充，以確保資料之正確及完整。
會計師查核前，應對委任人會計作業之真確性進行評估，選擇一個月或抽取足夠資料，依下列程序進行核對，並將核對結果及處理情形作成紀錄：一、傳票與原始憑證逐筆核對。
二、傳票與日記簿逐筆核對。
三、傳票與明細帳逐筆核對。
四、日記簿與總分類帳逐筆核對。
五、明細帳之合計數與總分類帳統馭科目之餘額核對。
會計師辦理所得稅查核簽證申報工作，應依據前二條對委任人會計制度、內部會計控制狀況及會計作業真確性之瞭解與評估，憑以決定合宜之方法及程序，加以審查或抽查。
凡經查核發現委任人未依規定設帳記載；或原始憑證、記帳憑證、帳簿報表、相關文件、所得稅申報書表之內容不相符合、或與有關法令之規定不符、不當或不實者，應作適當之更正、調整或說明。
前二項實施之查核方法、查核程序、抽查範圍、查核結果及所作處理，應具體翔實作成紀錄，連同所獲得之查核證據資料，彙整編訂成工作底稿，並據以提出簽證申報查核報告書。
委任人係於本年度內開業者，查核範圍應包括籌備期間之帳簿文據。
但籌備期間已辦理申報部分，不在此限。
資產負債淨值(業主權益)科目共通查核規定：一、總分類帳各科目帳載期初金額與期末金額，應分別與上年度資產負債表及本年度資產負債表逐一核對；總分類帳並應與明細帳或明細表總額核對。
二、與上年度金額作比較，其有大幅變動者，應查明並分析原因。
三、對大額或性質特殊之項目，應核對相關文件、憑證及帳簿資料，查明科目歸屬及入帳基礎是否正確；並複核是否為關係人交易。
四、應選定資產負債表日前後一段時間，核對各項文件、憑證及帳簿資料，查明有無誤列、漏列或虛列之項目。
資產負債淨值(業主權益)各科目個別查核規定：一、庫存現金：(一)盤點庫存現金，並調節核對是否與資產負債表日之金額相符。
但認為無盤點必要者，得敘明理由，免予盤點。
(二)查明庫存現金及零用金有無現金以外之項目，如員工借條、未兌現支票及未報銷單據等。
(三)抽查零用金與週轉金撥領報支情形及餘額，並核對未報銷之單據。
二、銀行存款：(一)就銀行對帳單與帳列金額核對，並向銀行發函詢證，如有差異，應取得委任人編製之銀行存款調節表，並就調節項目予以抽查。
(二)盤點定期存單，並查明應收利息及利息收入是否依規定列帳。
(三)以現金簿與送金簿存根及支票存根抽查核對，查明有無開出支票供他人或關係企業使用而未入帳情事。
三、短期投資與長期投資：(一)會同保管人員實地盤點庫存有價證券，並與帳冊核對，以確認其所有權。
(二)委託他人保管或提供擔保之有價證券應擇要函證，或抽查保管條等相關憑證。
(三)查明其入帳基礎、成本計算方法、期末估價標準是否合於規定。
(四)抽查其購入或處分，是否取得合法憑證；相關處分損益，是否依規定列帳。
(五)抽查其投資收益、利息收入或投資損失，是否依規定列帳。
四、應收票據與應收帳款：(一)擇要向債務人發函詢證。
(二)查明如有非因營業行為發生之應收票據及應收帳款，是否轉列適當科目。
(三)會同盤點庫存票據，並與帳冊核對；其交銀行託收者，應查核銀行託收之憑證。
盤點日如非資產負債表日，應調節其差異。
(四)應收票據如有貼現情形，應核對貼現資料，查明貼現利息是否依規定列帳。
(五)查明附息應收票據之利息收入及應收利息是否依規定列帳。
(六)查明備抵呆帳之提列是否合於規定，提列金額是否正確。
(七)查明實際發生之呆帳損失，是否合於規定且取得合法憑證；是否依規定沖抵備抵呆帳；如有列入損失後於本年度收回者，是否依規定列為收益處理。
五、其他應收款：(一)必要時發函詢證。
(二)必要時比照應收帳款之查核規定。
六、存貨：(一)存貨數量之檢查：1.應與進、銷、存貨各有關帳簿、憑證、文據詳細核對；其屬製造業者，並應與各有關成本明細分類帳、報表、紀錄予以勾稽。
2.期末存貨數量如認有實地盤點必要，應會同委任人實地盤點存貨。
盤點時得以選樣抽點，並將盤點或抽查所得之存貨彙總表與帳列核對。
3.盤點時若有他人寄售或寄放之存貨，應確定其業已分別存放標示，並取得該等存貨之規格、數量等有關資料，以確定該等存貨未包括於委任人之存貨內。
4.對存放在外之存貨，應向保管人發函詢證。
5.應查明截至資產負債表日止，有無銷貨退回之貨品，或所有權已歸屬委任人之在途存貨，尚未列帳者。
6.存貨帳列數與實地盤點數不符時，應敘明原因，查明有無虛增成本或隱匿收入逃漏稅負情事。
7.在製品數量之查核，應參酌其成本會計制度或製造程序，予以估算。
(二)列報商品盤損者，應查明存貨是否採永續盤存制；是否會計制度健全且盤損率在百分之一以下；或是否已依規定報經稽徵機關調查核准；或由簽證會計師依規定會同委任人盤點，並於簽證申報查核報告書中敘明。
(三)查明期末估價方法之採用是否合於規定並正確計算。
(四)查明呆廢商品、原料、物料盤存、處分是否依規定處理；其列報商品報廢者，應查明是否已依規定取得稽徵機關或事業主管機關勘查監毀之證明文件；其屬公開發行股票公司之商品、原料、物料等因過期、變質、破損無法久存等因素而報廢者，應查明是否以會計師查核簽證報告替代上開勘查監毀證明文件。
七、預付款項：(一)查明預付款項中，是否有應轉作費用或其他適當科目者。
(二)查明預付款項之支付是否適當。
八、其他流動資產：(一)有暫付款項者，應查明其支付是否適當；是否應轉列其他適當科目。
(二)有股東或同業借用款項者，查明是否依規定計息。
(三)有其他流動資產項目者，應查明性質歸類及相關處理是否適當。
九、固定資產、遞耗資產及無形資產：(一)應與有關帳簿、憑證、文據抽查核對，確認資產所有權；並查明是否依資產性質、用途，分別編造財產目錄。
(二)資產享有免稅或加速折舊或投資抵減獎勵者，應就相關憑證與證明文件及財產目錄，交叉核對是否相符；並會同委任人實地盤點或抽盤，查明受獎勵資產是否確實存在；是否已依規定安裝使用；是否確實用於獎勵用途(如生產用或研發用)；有無因轉借、出租、轉售、退貨或報廢致不符規定而應補稅情事。
(三)資產非供事業本身使用者，應查明提供他人使用情形；並查明提供他人使用所產生之收入，如房租、地租、權利金等是否依規定列帳。
(四)本年度增添之資產，應抽查相關憑證，查明入帳基礎是否正確；是否依規定列為資產或依規定列為當年度費用；資金來自借款者，相關利息是否依規定列入成本或依規定列為當年度費用。
(五)本年度減少之資產，應查明相關處分損益是否依規定列帳；其屬固定資產因特定事故未達規定耐用年數毀滅或廢棄而列報損失者，應查明是否提出確實證明文件；或已依規定取得稽徵機關之核備文件；其屬公開發行股票公司者，應查明是否以會計師查核簽證報告替代上開證明或核備文件。
(六)資產辦理重估價者，應核對相關核准文件，查明會計處理是否合於規定；抽查重估後資產計提之折舊、耗竭及攤折額是否正確。
土地經調整帳面價值者，查明是否依規定調整增值金額及提列土地增值稅準備。
(七)查明固定資產折舊方法之採用，是否合於規定；抽查固定資產之折舊、遞耗資產之耗竭、無形資產之攤折，是否合於規定並正確計算。
(八)查明以分期付款方式，融資租賃或專案貸款購置固定資產者，其利息支出處理情形。
(九)查明修繕費支出，是否視其性質，依規定列為資本支出並按有效期間平均分攤，或依規定列為當年度費用。
(十)查明未完工程之會計處理是否適當；其應負擔之利息是否正確計算並依規定轉作成本。
十、其他資產：(一)有存出保證金者，應核對契約及相關憑證，並查明有無利息收入。
(二)有未攤銷費用者，應查明其效益是否確實及於以後年度；其攤銷計算是否正確。
(三)有開辦費者，應核對相關帳簿憑證，查明其入帳基礎是否合於規定；其攤銷計算是否正確。
(四)有其他資產項目者，應查明其性質歸類及相關處理是否適當。
十一、短期借款：(一)查明是否依借款性質，如：銀行透支、銀行借款、應付商業本票等分別列註。
(二)查明重要借款合約並發函詢證，以確認借款餘額、利率、償還期限、額度、重要約定條件及擔保情形；並核對利息費用是否依規定正確計算。
十二、應付票據及應付帳款：(一)擇要向債權人發函詢證。
(二)應付票據應付利息者，查明利息費用及應付利息是否依規定列帳。
(三)查明有無或有負債，如有，應與相對科目相互沖銷。
(四)約定須以外幣償還者，查明是否列註外幣幣別、金額及入帳之兌換率。
十三、其他應付款項：(一)本期應付費用如屬估算性質，應查明其估算依據及估算方法是否適當；是否前後年度一致；及其期後付款情形。
(二)有逾期二年應付未付之費用或損失者，查明是否依規定轉列其他收入。
(三)有其他應付款項者，應查明其性質歸類及相關處理是否適當。
十四、預收款項：(一)其有契約者，應查對契約。
(二)查明有無應於本年度轉列收入者。
(三)查明相關稅捐有無依規定轉列預付費用。
十五、其他流動負債：(一)其有契約者，應查對契約。
(二)查明其性質歸類及相關處理是否適當。
(三)如有暫收款，應查明有無應於本年度轉列收入者。
十六、長期負債：(一)查明重要借款合約並發函詢證，以確認借款餘額、利率、償還期限、額度、重要約定條件及擔保情形；並核對利息費用是否依規定正確計算。
(二)約定須以外幣償還者，查明是否列註外幣幣別、金額及入帳之兌換率。
十七、應付公司債：(一)取得公司債發行辦法並查明是否列註核定總額、利率、到期日、擔保品或保證情形及其他有關約定限制條款等事項。
如有可轉換公司債者，其轉換辦法、轉換情形是否列註。
(二)如有受託人或簽證人者，查核所訂保證及受託契約是否有特定條款，並向保證人及受託人發函詢證，已發行及未發行總額暨業已償還或註銷之數額。
(三)查明利息費用及折價或溢價攤銷，是否合於規定。
(四)設有償債基金者，查明其提撥辦法，已提數額與孳息情形。
(五)查明公司債償還情形，其為可轉換公司債，應依法辦理增資或發行新股者，是否已依規定辦理。
十八、其他負債：(一)有存入保證金者，應核對有關契約及憑證，並查明是否有利息支出。
(二)已提列職工退休金準備、提撥職工退休基金或勞工退休準備金者，應核對上年度結轉金額；並查明是否依規定提列及沖銷。
(三)已提撥國外投資損失準備者，應查明其投資是否經目的事業主管機關核准、投資股權比率是否合於規定；及是否依規定比率提撥或充抵實際發生之投資損失或轉作收益處理。
(四)有其他負債項目者，應查明其性質歸類及相關處理是否適當。
十九、業主權益：(一)查明登記資本及實收資本，其發行股份者，是否列註有關股本種類、每股面額、額定股數、已發行股數及特別條件等。
(二)瞭解資本公積本年度變動情形，查明是否合於規定；有無應依法列入本年度所得課稅者。
(三)瞭解保留盈餘(或累積虧損)本年度變動情形，如：彌補虧損、提列法定盈餘公積、提列特別盈餘公積、分派股息紅利等，並查明是否與公司章程、股東會決議或股東同意書及有關法令規定符合。
(四)如有前期損益調整事項，應查明其會計處理是否適當；有無應列入本年度損益項目。
(五)如有庫藏股票，應瞭解其本年度變動情形，查明是否合於規定；其會計處理是否適當。
損益科目共通查核規定：一、應就申報書所列各損益科目之帳載結算金額與總分類帳核對是否相符；總分類帳並應與明細帳或明細表核對。
二、與上年度金額作比較，其有大幅變動者，應查明並分析原因。
三、應查明是否有上年度經調整應予轉列本年度之損益項目，而尚未予以轉列者。
四、設有分支機構者，應查明分支機構損益是否已依規定併入總機構計算。
五、從事國外交易者，應核對相關合約文件，查明國外交易損益是否依規定列帳；是否取具合法憑證。
六、對大額或性質特殊之交易，應核對相關合約文件，查明是否確屬損益科目；是否合於認列規定；是否取具合法憑證；並複核是否為關係人交易。
七、應選定資產負債表日前後一段時間，核對各項憑證，查明應歸屬本年度之各項損益，是否已作適當調整及估算，有無誤列、漏列或虛列情形。
八、各損益項目均應抽查相關文件、憑證及帳簿資料，核對是否相符。
九、會計事項之處理與稅務法令規定不同時，應查明是否已於申報書內作適當之調整。
損益各科目個別查核規定：一、營業收入及非營業收入：(一)核對相關帳簿憑證，查明本年度結算申報營業收入總額與本年度總分支機構申報營業稅銷售額差異數之調節有無錯誤或不實。
(二)有銷貨退回者，應查明是否取具合法憑證、收回存貨並作沖轉紀錄；有銷貨折讓者，應查明是否取具合法憑證。
(三)有代銷業務者，應就其合約文件與相關帳簿憑證資料核對，查明委託關係是否存在，代銷記錄是否正確。
(四)易貨交易或以貨抵充價款者，應查明估價標準，並核對相關帳簿憑證資料。
(五)分期付款銷貨者，應查明損益計算方法是否合於規定，損益計算是否正確。
(六)承包工程者，應查明損益計算方法是否合於規定，損益計算是否正確。
(七)以包工包料方式建屋預售者，應查明損益計算方法是否合於規定，損益計算是否正確。
(八)受託代收轉付款項者，應查明是否合於規定，並取得合法憑證。
(九)交換資產者，應查明估價標準及交換損益計算是否正確。
(十)營利事業與地主合建分成、合建分售土地及房屋、或自行以土地及房屋合併銷售時，應查明房屋款及土地款之劃分情形。
(十一)其有退稅款者，應查明退稅款之處理是否合於規定。
(十二)採融資租賃方式出租資產者，應查明是否合於規定要件，利息收入與手續費收入之計算是否正確。
(十三)其他重大應行查核事項。
二、營業成本：(一)抽查原料、物料、商品之入帳基礎是否合於規定，並取具合法憑證。
(二)進貨或進料發生損失者，應查明是否受有保險賠償，是否取具合法憑證；其有退出、折扣、折讓情形者，應查明是否核實列帳。
(三)外銷事業，有進口原料者，應查明其稅捐之處理，是否合於規定。
(四)商品、原料、物料、在製品、製成品及副產品之期初盤存，應查明是否與上年度核定數量及金額相符；其未經核定者，是否與上年度申報之期末盤存數量及金額相符。
(五)商品、原料、物料、在製品、製成品及副產品之成本計算，應查明計算方法之採用，是否合於規定；計算是否正確。
(六)製造業之原料耗用，經簽證依帳證紀錄核實認定者，應查明製造過程相關帳證表單及成本紀錄是否確實合於規定，並將查核內容、程序及結論作成翔實紀錄；經計算超耗者，應敘明所依據之耗料標準、計算方法及內容。
(七)如有廢料及下腳，應查明其處理，是否合於規定。
(八)直接人工與各項製造費用支出，除應與原始憑證帳表紀錄核對勾稽外，應參酌其成本會計制度，就生產過程各項相關紀錄，互為勾稽查證，比較分析其正確性。
(九)營建業建屋出售者，應查明其銷貨成本之計算方法，是否合於規定；計算是否正確。
三、各項損失及費用：(一)應查明有無經營本業及附屬業務以外之費用。
(二)未實現之費用或損失，應查明是否依法律規定，或經財政部專案核准。
(三)應查明是否有應歸屬於營業成本之項目；或依規定應轉列資本支出之項目；或依規定應轉列遞延費用之項目。
(四)應抽查損失及費用之列支是否合於規定，並取具合法憑證；其有限制規定者，應查明是否超越規定之列支標準。
(五)中華民國境內之外國分公司，分攤其國外總公司管理費用者，應查明其是否合於分攤要件；分攤計算標準及提供文件是否合於規定；計算之分攤費用是否正確。
(六)中華民國境內總公司，將管理費用分攤予其境外分公司負擔者，除比照前目規定查核外，應查明總、分公司合併申報後，該管理費用有無重複列報情形。
(七)營利事業與其關係企業集中辦公，分攤共同費用者，應查明費用之分攤是否合於規定、計算是否正確並取具規定憑證。
關係企業交易或關係人交易達規定揭露標準之查核：一、複核委任人提供之關係人及關係人交易相關資料，以審查或抽查方式，執行下列查核程序，以佐證資料之正確性及完整性：(一)上期營利事業所得稅結算申報相關資料。
(二)投資架構圖及長、短期投資明細表。
(三)持股達百分之十以上者或持股最高者之股東名冊資料。
(四)副總經理層級以上及直屬總經理部門之直屬主管或派任於另一營利事業董事之人事資料。
(五)董事會會議紀錄、交易契約、融資契約、背書保證契約、合資或聯合經營契約。
(六)關係人交易明細表相關科目，其有明細分類帳者，查核至明細分類帳；其無明細分類帳者，查核至總分類帳；並抽核相關憑證資料。
二、複核是否依規定備妥企業綜覽、組織結構、受控交易之彙整資料及移轉訂價報告或依規定得取代移轉訂價報告之文據資料等。
三、複核移轉訂價報告：(一)取得移轉訂價報告，並揭露報告出具人姓名。
(二)複核移轉訂價報告內容，是否包括產業及經濟情況分析；受控交易各參與人之功能及風險分析；遵循常規交易原則相關資料；選定可比較對象相關資料；進行可比較程度分析相關資料；選定之最適常規交易方法及選定之理由、列入考量之其他常規交易方法及不予採用之理由；受控交易之其他參與人採用之訂價方法及相關資料；依最適常規交易方法評估決定常規交易結果之結論。
(三)複核移轉訂價報告是否符合常規之結論及其應按常規交易結果調整之調整情形。
四、複核替代移轉訂價報告之文據資料：(一)取得替代移轉訂價報告之文據資料，並揭露報告出具人姓名。
(二)複核取代移轉訂價報告之文據資料是否符合常規之結論及其應按常規交易結果調整之調整情形。
五、複核預先訂價協議年度執行報告：(一)取得預先訂價協議及年度執行報告資料。
(二)查核年度執行報告之假設條件、關係人、關係人交易類型、關係人交易條件、訂價原則、採用之常規交易方法等，是否與預先訂價協議內容相符。
會計師已踐行前項查核程序，因未能獲得足夠與適切之查核證據，致無法查核規定事項並作成查核結論者，應於工作底稿及簽證申報查核報告書中敘明已踐行之查核程序、查核發現之事實及無法作成查核結論之理由。
第一項之移轉訂價報告、替代移轉訂價報告之文據資料及預先訂價協議年度執行報告應編訂於工作底稿內。
前三項規定，自會計師辦理九十四年度營利事業所得稅查核簽證申報案件起適用。
課稅所得額及稅額計算之查核：一、以往年度營業虧損之扣除：(一)核對前五年核定虧損扣除餘額是否正確；查明本年度是否合於扣除規定。
(二)其有合併或分割情事者，應與相關文件核對，查明是否合於扣除規定；及本年度得扣除金額是否依規定正確計算。
二、免稅所得：(一)其屬專營或兼營建屋出售者，應查明土地交易所得之計算，是否依規定分攤營業費用及利息支出。
(二)其屬以有價證券買賣為專業者，應查明證券交易所得之計算，是否依規定分攤營業費用及利息支出。
(三)其依法享受免徵所得稅獎勵者，應查明是否已取得核准證明等各項規定文件；核對帳簿、憑證、文件等資料，查明是否合於規定免稅要件；是否仍在免稅期間；免稅所得是否依規定正確計算，有關計算方法、公式、成本費用之分攤歸屬等計算過程並應詳予說明。
三、國外及大陸稅額之扣抵：(一)查明是否取得規定之證明文件。
(二)查明是否依規定正確計算。
四、投資抵減稅額：(一)核對期初尚未抵減餘額，查明有無超過規定抵減年度項目；核對結轉金額是否正確。
(二)依投資抵減項目別，逐項抽查本年度投資支出是否合於規定適用要件；是否取得核准證明等各項規定文件；各項支出之入帳基礎是否正確；是否取具合法憑證。
(三)查明本年度各項投資支出總額、抵減率、可抵減總額是否依規定正確計算；申報實際抵減稅額是否正確。
股東可扣抵稅額帳戶之查核：一、核對期初結轉金額是否正確。
二、核對相關文件及帳戶紀錄，查明本年度計入或減除之項目是否合於規定；金額是否正確。
三、本年度作盈餘分配者，應查明稅額扣抵比率是否依規定正確計算；核對各盈餘分配項目併同獲配之可扣抵稅額是否合於規定並正確計算。
未分配盈餘申報之查核：一、逐一核對相關文件，查明各計算項目是否合於規定並正確計算。
二、查明未分配盈餘應加徵稅額，相關抵減、留抵、抵繳稅額是否合於規定並正確計算。
合併辦理營利事業所得稅申報之查核：一、查明納入合併申報之各公司，是否合於合併申報規定；及是否有依規定應納入而未納入合併申報之公司。
二、核對相關報表文件資料，查明合併結算申報課稅所得額、合併申報未分配盈餘、營業虧損扣除額、投資抵減稅額、國外稅額扣抵、股東可扣抵稅額帳戶及其他事項之處理，是否合於規定並正確計算。
會計師辦理所得稅查核簽證申報工作，應確實編訂工作底稿，並據以提出簽證申報查核報告書。
前項工作底稿及簽證申報查核報告書之格式，由會計師公會訂定之。
所得稅簽證申報，應檢附相關申報書表、簽證申報查核報告書及其他依規定應附送之文件。
第四章附則