本辦法依替代役實施條例(以下簡稱本條例)第二十條第二項規定訂定之。
替代役役男權利實施之權責劃分如下：一、學生之保留學籍或入學資格事項：中央除大專校院由各校院主辦外，餘由教育部主辦，主管機關協辦；直轄市、縣（市）由直轄市、縣（市）政府教育單位主辦，役政單位協辦。
二、職工之保留底缺年資事項：中央由主管機關主辦，其他有關機關協辦；直轄市、縣（市）由直轄市、縣（市）政府役政單位主辦，其他有關單位協辦。
三、參加政府舉辦考試之給予公假事項：由服勤單位辦理。
四、乘坐公營交通運輸工具之得予減費優待事項：由交通部主辦，主管機關協辦。
五、進入公營歌劇影院等公共娛樂場所之得予減費優待事項：由各目的事業主管機關主辦，主管機關協辦。
六、家屬不能維持生活時之扶助事項：中央由主管機關主辦，其他有關機關協辦；直轄市、縣（市）由直轄市、縣（市）政府役政單位主辦，其他有關單位協辦。
七、因公致病、傷或身心障礙，於退役、停役後經鑑定需長期療養或安養者之安置就養事項：由國軍退除役官兵輔導委員會主辦，主管機關及直轄市、縣（市）政府役政單位協辦。
八、前款替代役役男慰問金、安養津貼及贍養金之發給事項：中央由主管機關主辦，其他有關機關協辦；直轄市、縣（市）由直轄市、縣（市）政府役政單位主辦，其他有關單位協辦。
九、因公死亡之安葬事項：中央由主管機關主辦，其他有關機關協辦；直轄市、縣（市）由直轄市、縣（市）政府役政單位主辦，其他有關單位協辦。
公立或已立案之私立學校，對應徵服替代役之學生，以本條例第二十條第一項第一款規定申請保留學籍或考取尚未入學申請保留入學資格者，除大專校院由各校院自行處理外，應造具保留學籍名冊或保留入學資格名冊，報請主管教育行政機關備查，並副知應徵服替代役在校學生或考取尚未入學學生戶籍地之直轄市、縣(市)政府。
經保留學籍或保留入學資格之替代役役男，應於退役後一年內，憑退役證明書向原學校申請復學或入學，並應依學校通知之報到期間向原學校報到；無故逾期一個月未報到者，視為自行放棄。
機關、學校或公、民營事業機構於應徵服替代役之職工，依本條例第二十條第一項第一款規定申請保留底缺年資時，應發給職工保留底缺年資證明書。
經保留職工底缺年資之替代役役男，應於退役後三個月內，憑退役證明書及職工保留底缺年資證明書，向原機關、學校或公、民營事業機構申請復職，並應依機關、學校或公、民營事業機構通知之報到時間，向原機關、學校或公、民營事業機構按時報到；無故逾期一個月未報到者，視為自行放棄。
原機關、學校已裁撤或公、民營事業機構因合併後消滅者，向承受其業務之機關、學校或存續之公、民營事業機構申請復職。
原公、民營事業機構於職工服役期間消滅者，應依勞動基準法之規定給付資遣費。
機關、學校或公、民營事業機構，對保留底缺年資之職工申請復職時，以回復其原職位為原則；無原職位者，得轉任與其同等職級及薪資之職位。
替代役役男乘坐公營交通運輸工具，依本條例第二十條第一項第三款規定得予減費優待者，準用現役軍人乘坐公營交通運輸工具優待辦法之規定辦理。
替代役役男進入公營歌劇影院等公共娛樂場所，依本條例第二十條第一項第三款規定得予減費優待者，準用現役軍人進入歌劇影院等公共娛樂場所優待辦法之規定辦理。
本條例第二十條第一項第四款所稱家屬，指替代役役男之下列親屬：一、配偶。
二、直系血親。
三、其他依法規受其扶養而共同生活之人。
替代役役男家屬不能維持生活時之家庭狀況區分等級、生活扶助發放基準及相關事項，依服兵役役男家屬生活扶助實施辦法及相關規定辦理。
直轄市、縣(市)政府應依下列規定辦理替代役役男因公死亡葬厝事宜：一、會同死者家屬前往遺骸地迎祭運葬。
二、死者功績合於國葬或公葬者，分別依有關法令辦理。
三、除法令另有規定外，依死者遺囑或其家屬之意見葬厝。
四、死者無家屬時，葬厝事宜，由直轄市、縣(市)政府辦理。
替代役役男服役期間，因公致病、傷或身心障礙者，由主管機關檢附因公致病、傷或身心障礙相關證明文件，函送國軍退除役官兵輔導委員會依規定辦理鑑定及全部供給制安置就養。
替代役役男因公致病、傷或身心障礙，於退役或停役後，因原受傷部位惡化，需長期療養或安養者，由直轄市、縣（市）政府檢附因公致病、傷或身心障礙相關證明文件，函送國軍退除役官兵輔導委員會依規定辦理鑑定及全部供給制安置就養。
替代役役男傷病住院屆滿役期未癒，准予繼續治療者，於繼續治療期間，每月按後期役男薪俸額度發給照護金。
替代役役男服役期間，因公致病、傷或身心障礙符合國軍退除役官兵身心障礙就養基準，於退役或停役後，得檢附下列文件影本向主管機關申請自核定全部供給制安置就養之次月起，依給付時常備士官下士一級本俸之基準，按月給與贍養金終身：一、替代役役男身心障礙通報或身心障礙撫卹核定函。
二、退役證明書或停役核定函。
三、經國軍退除役官兵輔導委員會所屬榮民服務處核定全部供給制安置就養文件。
四、國民身分證。
五、近三個月內戶籍謄本或戶口名簿。
六、郵政儲金簿。
贍養金由主管機關編列預算支應。
本辦法所稱因公致病、傷或身心障礙，指具有替代役役男撫卹實施辦法第三條第一項各款情形之一而致病、傷或身心障礙，並經鑑定符合替代役役男身心障礙等級檢定區分標準之身心障礙等級。
直轄市、縣（市）政府已連結內政部戶役政資訊系統者，第一項第五款之戶籍資料，得免附之。
依前條規定領受贍養金之替代役役男（以下簡稱贍養金領受人）於領受贍養金期間，有下列情形之一者，停止領受贍養金之權利：一、就任由政府編列預算支給俸（薪）給、待遇或公費（以下簡稱薪酬）之機關（構）、學校或團體之職務，且每月支領薪酬總額超過公務人員委任第一職等本俸最高俸額及專業加給合計數額。
二、就任下列職務且每月支領薪酬總額超過公務人員委任第一職等本俸最高俸額及專業加給合計數額：（一）行政法人或公法人之職務。
（二）由政府原始捐助（贈）或捐助（贈）經費，累計達財產總額百分之二十以上之財團法人之職務。
（三）由政府及其所屬營業基金、非營業基金轉投資，且其轉投資金額累計占該事業資本額百分之二十以上事業之職務。
（四）受政府直接或間接控制其人事、財務或業務之下列團體或機構之職務：1.財團法人及其所屬團體或機構。
2.事業機構及其所屬團體或機構。
三、違反妨害兵役治罪條例，經判處徒刑在執行中。
四、犯貪污治罪條例之罪，經判處徒刑在執行中。
五、褫奪公權尚未復權。
六、因案被通緝期間。
七、其他法律有特別規定。
贍養金領受人於前項第一款及第二款所定機關（構）、學校、團體及法人參加保險時，得先暫停發給贍養金，俟該贍養金領受人檢具其就任每月支領薪酬總額未超過公務人員委任第一職等本俸最高俸額及專業加給合計數額之相關證明，再恢復發給並補發其經停發之贍養金。
贍養金領受人赴大陸地區長期居住期間，未在大陸地區設有戶籍或領用大陸地區護照，應暫停發給贍養金，俟其回臺居住時再恢復發給並補發其經停發之贍養金。
第一項停止領受贍養金權利，其停止及恢復發給之時點如下：一、依第一款及第二款規定：自當月支領薪酬總額超過公務人員委任第一職等本俸最高俸額及專業加給合計數額之日起停止發給贍養金，至原因消滅之翌日起恢復發給。
二、依第三款至第六款規定：自徒刑執行、褫奪公權生效、通緝書發布之日起停止發給贍養金，至原因消滅之翌日起恢復發給。
三、依第七款規定：自其他法律特別規定原因之日起停止發給贍養金，至原因消滅之翌日起恢復發給。
未依前項規定停止發給贍養金而有溢領，或有其他溢領情事，由主管機關作成書面行政處分追繳自應停止發給日起溢領之金額。
第一項第一款、第二款及第二項所稱每月支領薪酬總額，指每月因職務所固定或經常領取之薪金、俸給、工資、歲費或其他名義給與等各種薪酬收入之合計數。
第三項所稱赴大陸地區長期居住，準用臺灣地區與大陸地區人民關係條例施行細則第二十六條規定。
贍養金領受人於領受贍養金期間，有下列情形之一者，喪失領受贍養金之權利：一、喪失中華民國國籍。
二、因犯內亂、外患罪或因現役期間犯貪污治罪條例之罪，經判處徒刑而未宣告緩刑確定。
三、褫奪公權終身。
四、死亡。
前項喪失領受贍養金權利之起算日，依下列規定：一、依第一款規定：自喪失中華民國國籍之日起算。
二、依第二款及第三款規定：自判決確定之日起算。
三、依第四款規定：自死亡之日起算。
贍養金領受人於喪失領受贍養金權利後，有溢領贍養金情事，應由主管機關作成書面行政處分追繳自喪失權利起算日起溢領之金額。
但第一項第四款死亡之日當月已領取之贍養金，免予追繳。
本辦法自本條例施行之日施行。
本辦法修正條文，除中華民國一百零九年四月二十二日修正發布之第十二條之三至第十二條之五，自一百零七年十一月三十日施行外，自發布日施行。