促進轉型正義委員會（以下簡稱本會）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本規程。
主任委員綜理會務，並指揮、監督所屬人員；副主任委員襄助主任委員處理會務。
主任秘書權責如下：一、文稿之綜核及代判。
二、機密及重要文件之處理。
三、各單位之協調及權責問題之核議。
四、重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。
本會設下列組、室：一、還原歷史真相組。
二、威權象徵處理組。
三、平復司法不法組。
四、重建社會信任組。
五、秘書室。
六、人事室。
七、政風室。
八、主計室。
還原歷史真相組掌理事項如下：一、回復威權統治時期相關歷史事實，以還原人權受迫害之歷程，並釐清壓迫體制加害者及參與者責任。
二、威權統治時期政治檔案開放應用之研究、規劃及推動。
三、政黨、附隨組織與黨營機構持有政治檔案之通報、調查、審定與移歸為國家檔案之研究、規劃及推動。
四、政治檔案相關爭議事項之受理、諮詢及處理。
五、還原歷史真相與政治檔案相關報告編擬之規劃及推動。
六、其他有關還原歷史真相事項。
威權象徵處理組掌理事項如下：一、威權象徵移除與改名之研究、規劃及推動。
二、不義遺址保存、重建與作為歷史遺址之研究、規劃及推動。
三、威權象徵與不義遺址相關處置之研究、規劃及推動。
四、清除威權象徵與保存不義遺址相關報告編擬之規劃及推動。
五、其他有關威權象徵處理事項。
平復司法不法組掌理事項如下：一、威權統治時期違反自由民主憲政秩序、侵害公平審判原則所追訴或審判刑事案件之調查，及其他歷史真相調查之研究、規劃及推動。
二、平復司法不法相關方案與作法之研究、規劃及推動。
三、應予平復司法不法之刑事有罪判決案件之研究及處理。
四、規劃人事清查處置及相關救濟程序。
五、平復司法不法相關報告編擬之規劃及推動。
六、其他有關平復司法不法事項。
重建社會信任組掌理事項如下：一、重建社會信任、創傷療癒、促進社會對話朝向和解之研究、規劃及推動。
二、民主、法治與人權教育、轉型正義相關文化事務之研究、規劃及推動。
三、經移轉為國家所有之不當黨產用途之研究、規劃、協調及推動。
四、以前款不當黨產成立之特種基金之收支、保管及運用。
五、重建社會信任及不當黨產運用相關報告編擬之規劃及推動。
六、其他有關重建社會信任事項。
秘書室掌理事項如下：一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、法制、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。
三、國會聯絡及媒體公關業務。
四、本會資訊應用服務策略規劃及管理。
五、不屬其他各組、室事項。
本會處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。
本規程自中華民國一百零七年五月三十一日施行。
本規程修正條文，自發布日施行。