本會設下列組、室：
一、綜合規劃組，分六科辦事。
二、核安管制組，分六科辦事。
三、輻射防護組，分六科辦事。
四、保安應變組，分六科辦事。
五、核物料管制組，分六科辦事。
六、秘書室，分四科辦事。
七、人事室。
八、政風室。
九、主計室。