新興傳染病組掌理事項如下：
一、豬隻疾病檢診、調查、監測、致病機轉與防治之技術研究及改良。
二、豬隻疾病檢驗方法之訂定及檢診所需資材之建置。
三、所管實驗室診斷檢驗能力比對作業、品質保證規範之規劃、建置及執行。
四、新興動物傳染病之檢診、調查及監測。
五、實驗動物之使用及管理。
六、其他有關新興傳染病事項。