農藥應用組掌理事項如下：
一、有害生物偵測與防除技術之研發及為害風險評估。
二、有害生物整合管理技術之建立及效益評估。
三、農業藥劑使用範圍、方法之研究與使用效益及作物安全評估。
四、農業藥劑田間試驗規範之研究。
五、其他有關農藥應用研究事項。