植物病理組掌理事項如下：
一、農作物病害之診斷及調查。
二、農作物病原之偵察監測、分離保存、鑑定、生理、生態、抗藥及病害流行病學研究。
三、農作物病害防疫檢疫技術及非農藥防治製劑之開發。
四、重要農作物有關病害防治安全生產體系之建立。
五、食（藥）用菇蕈種原蒐集、品種選育、栽培技術改進及產品開發之研究。
六、其他有關植物病理研究事項。