書記廳就第十六條第六項依檔案法歸檔逾保存年限而得銷毀之卷宗，應先制定銷毀計畫及造具銷毀之卷宗目錄或清冊，經大法官行政會議議決通過，並函送檔案中央主管機關審核後，定期銷毀。
定期保存卷宗之銷毀，以每年辦理一次為原則。
辦理第一項卷宗之銷毀，應將銷毀之卷宗目錄或清冊於憲法法庭審判作業系統或以其他適當方式公告二個月，徵詢意見；如有提出延長卷宗保存之期限並具體敘明理由者，書記廳於經大法官行政會議議決通過後，抽出繼續保存。