本中心設董事會，置董事十一人至十五人，由監督機關就下列人員遴選提請行政院院長聘任之；解聘時，亦同：
一、政府相關機關（構）代表。
二、海洋及船舶研究、法律、財務相關之學者、專家。
前項第一款董事，不得低於董事總人數二分之一。
第一項董事，任一性別不得少於總人數三分之一。