本辦法所定補償義務機關及其權責規定如下：
一、國防部：辦理國防部陸軍司令部、國防部海軍司令部、國防部空軍司令部（以下合稱各司令部）以外之國防部及所屬機關（構）、部隊、學校補償事件。
二、各司令部：辦理各司令部及所屬機構、部隊、學校補償事件。
三、國家安全局：辦理國家安全局補償事件。
四、國家中山科學研究院：辦理國家中山科學研究院補償事件。