申請案件範圍如有其他已依原非都市土地使用管制規則規定取得海域用地區位許可、依本法取得應經申請同意或使用許可者，應徵得既有使用之目的事業主管機關認屬相容使用之同意或無反對意見之文件。
前項申請案件，涉重大政策或認定疑義者，應由中央主管機關依下列原則協調處理：
一、於不影響海域永續利用之前提下，尊重既有合法使用現況。
二、申請區位、資源及環境等為自然屬性者優先。
三、多功能使用之海域，以公共福祉最大化之使用為優先，相容性較高之使用次之。
四、確保國家安全之國防軍事用海需求。