高等行政法院分設高等行政訴訟庭、地方行政訴訟庭，其庭數視事務之繁簡定之，必要時得設專業法庭。
各庭置庭長一人，除由兼任院長之法官兼任者外，餘就法官中遴兼之，監督各該庭事務。