第三組掌理下列事項：一、核子燃料、核子原料、用過核子燃料、小產源放射性廢棄物、天然放射性物質衍生廢棄物等相關管制法規之蒐集及研擬。
二、核子原料持有、使用、輸入、輸出、過境、轉口、運送、貯存、廢棄、轉讓、租借與設定質權申請之審查及管制。
三、核子原料生產及貯存設施之興建、運轉之審查、檢查等管制事項。
四、核子燃料持有、使用、輸入、輸出、過境、轉口、運送、貯存、廢棄、轉讓、租借與設定質權申請之審查及管制。
五、核子燃料生產及貯存設施之興建、運轉之審查、檢查等管制事項。
六、核子原料、核子燃料、用過核子燃料、小產源放射性廢棄物、天然放射性物質衍生廢棄物處理、運送及貯存作業之檢查。
七、用過核子燃料中期貯存設施興建、運轉之審查、檢查等管制事項。
八、用過核子燃料運送作業申請之審查及管制。
九、高放射性廢棄物最終處置設施興建、運轉之審查、檢查等管制事項。
十、天然放射性物質衍生廢棄物處理、貯存與運送作業申請之審查及管制。
十一、核子原料或核子燃料生產設施運轉人員資格審查。
十二、其他有關事項。
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