各機關辦理特殊查核，應於擬任人員初任、再任或調任第二條所定職務前辦理完竣。
但擬任人員於初任、再任或調任該職務前三個月內曾依本辦法規定辦理特殊查核，且無查核項目所列情事者，機關得免予辦理。
第二條所定職務人員任同一職務每滿三年，應重行辦理特殊查核。
但因業務需要，得縮短查核期間。
各機關為處理涉及國家安全或重大利益之緊急或重大情事，必要時得辦理專案特殊查核，並自查核後重行計算前項查核期間。
考試及格人員分發至第二條所定職務前，應先辦理特殊查核。