合作社主管機關輔導籌設原住民合作社作業程序如下：
一、調查分析：調查設立主觀、客觀環境因素，並據以分析研判籌設可能性。
二、合作教育宣導：對發起人及預定社員等進行合作宣導及教育工作，強化其合作信念。
三、輔導籌設：輔導發起人等依程序進行籌設及辦理成立登記等相關工作。