本辦法依原住民族工作權保障法(以下簡稱本法)第七條第二項及第九條第二項規定訂定之。
本辦法所稱合作社主管機關：在中央為內政部，在直轄市、縣（市）為直轄市、縣（市）政府；原住民族事務主管機關：在中央為原住民族委員會，在直轄市、縣（市）為直轄市、縣（市）政府；目的事業主管機關指原住民合作社經營業務有關之主管機關。
原住民事務主管機關為協助轄內原住民籌設合作社，得視原住民聚落情形、經營事業類別及專業能力等，會商合作社主管機關為計畫性之輔導籌設，並給予必要之協助。
合作社主管機關輔導籌設原住民合作社作業程序如下：一、調查分析：調查設立主觀、客觀環境因素，並據以分析研判籌設可能性。
二、合作教育宣導：對發起人及預定社員等進行合作宣導及教育工作，強化其合作信念。
三、輔導籌設：輔導發起人等依程序進行籌設及辦理成立登記等相關工作。
原住民合作社之社員以居住組織區域內具各該類合作社章程所定社員資格，並能參加共同經營者為限。
原住民合作社應依合作社法規定召開會議並製作下列報表，報請合作社主管機關查核或備查，並報原住民事務主管機關及目的事業主管機關備查：一、營業收支月報表。
二、年度業務報告：包括資產負債表、損益計算表、財產目錄及盈餘分配表。
原住民合作社選任、聘任人員與社員之培訓、觀摩，由合作社主管機關、原住民事務主管機關及目的事業主管機關自行或委託有關機關(構)、團體、學校等辦理。
合作社主管機關、原住民事務主管機關及目的事業主管機關得視需要，訂定各種獎助措施，充實原住民合作社營運設備及提升其業務拓展能力。
本法第十條所定原住民合作社輔導小組(以下簡稱輔導小組)，由合作社主管機關、原住民事務主管機關及目的事業主管機關派員組成之，並由合作社主管機關代表擔任召集人。
輔導小組每年得依需要，辦理原住民合作社之稽查；其稽查範圍，以當年度為原則，必要時得由輔導小組定之。
前項稽查內容，包括社務管理、業務經營及財務處理；稽查項目由輔導小組定之。
輔導小組應依稽查結果，提出稽查報告，並對有缺失之原住民合作社，提出具體改進意見，送請其改善。
輔導小組得委託具會計專業知識之個人或團體，會同稽查原住民合作社。
原住民合作社之年度考核，由合作社主管機關會同原住民事務主管機關及目的事業主管機關依合作事業獎勵規則規定辦理。
前項考核成績列名優等、甲等或乙等者，合作社主管機關、原住民事務主管機關及目的事業主管機關得予核發獎金或其他獎勵；成績列名丁等以下者，由合作社主管機關輔導改善，並予公告。