醫學工程室掌理事項如下：
一、醫療儀器系統性設備生命週期管理、智慧醫療軟硬體創新、3D列印技術應用與臨床維運、大數據應用、醫療設備相關資訊系統建構及醫療影像應用。
二、精準醫學、個人化醫療、基因體資訊、次世代基因定序等診斷及實驗設備生命週期管理。
三、醫療設備維修保養、採購預算、規格審查及報廢鑑定。
四、其他有關醫學工程事項。