綜合規劃及人力培訓中心掌理事項如下：
一、本院施政策略、施政計畫、研究發展計畫、先期作業、中長程個案計畫之研擬、彙辦、協調、管考及評估。
二、產學合作計畫之管理。
三、海洋保育與海巡執法人員教育訓練之規劃及執行。
四、海洋研究成果之推廣。
五、海洋相關人才培育引進之規劃及執行。
六、國際與兩岸海洋訓練機構交流合作之規劃及執行。
七、其他有關綜合規劃及人力培訓事項。