海洋生物保育組掌理事項如下：
一、海洋生物多樣性保育與復育政策之整合、規劃、協調、推動及執行。
二、海洋生物外來種防治政策之整合、規劃、協調及執行。
三、海洋非漁業資源保育與管理政策之規劃、協調及執行。
四、海洋生物多樣性種原庫與基因庫設置之研擬、協調及推動。
五、海洋生物巡護、監控、管制與調查之規劃、協調及推動。
六、海洋生物保育法規制（訂）定、修正、廢止及解釋之研擬。
七、其他有關海洋生物保育事項。