特勤科掌理事項如下：
一、特勤與空勤吊掛任務之規劃、督導及考核。
二、特勤與空勤吊掛專業訓練之規劃、督導及執行。
三、重大、特殊犯罪案件偵辦之支援。
四、特勤與空勤吊掛類裝備之規劃、建置、督導及考核。
五、特勤與空勤吊掛類人員任用之建議及管制。
六、無人機任務之規劃及協調。
七、特勤快艇、無人機維修、保養業務與裝備料件等管理之執行及陳報。
八、其他有關特勤事項。