犯罪偵查科掌理事項如下：
一、走私、非法入出國與其他犯罪案件調查工作之督導及考核。
二、走私、非法入出國與其他犯罪案件情報之交換、蒐集、分析、研整、處理及協調聯繫。
三、走私、非法入出國與其他犯罪案件之跨機關聯繫、相關會議之協調分工及管制。
四、與法院、檢察及司法警察機關之協調聯繫。
五、檢舉獎金之審查、核發及管制。
六、偵防查緝隊任務之規劃、督導及考核。
七、跨境及兩岸共同打擊犯罪工作之執行。
八、其他有關犯罪偵查事項。