綜合研整科掌理事項如下：
一、施政策略及施政計畫之建議。
二、重要個案計畫之研議及管制。
三、研究發展與服務品質工作之督導及執行。
四、海巡服務與預防犯罪工作之計畫、執行及管制。
五、偵防專業訓練之督導及執行。
六、偵防工作會報之召開及管制。
七、安全情報工作之督導、協調、調查及處理。
八、防制滲透工作之督導、協調、調查及處理。
九、情報職類人員任用之建議及管制。
十、其他有關安全調查及綜合規劃事項。